Однако возможность влиять на великокняжескую политику была Геронтием утрачена. Сочувствие главе церкви в столкновениях с великим князем выражено в летописном своде конца 1480 гг., который, по мнению историка Арсения Николаевича Насонова (1898–1965 гг.), был составлен в митрополичьей канцелярии, а по мнению Б.М. Клосса и В.Д. Назарова, – священником московского Успенского собора. Обе точки зрения оспаривались Яковом Соломоновичем Лурье (1921–1996 гг.), который считал данную летопись неофициальным монастырским сводом. Содержание памятника впоследствии было использовано при составлении свода 1518 г. (отразившегося во второй Софийской и Львовской летописях). Великокняжеская летопись обошла тему конфликта светской и церковной властей молчанием. В 1487 г. из грамоты Новгородского архиепископа Геннадия Геронтий узнал о появлении в Новгороде ереси жидовствующих. Геннадий возлагал надежды на активное участие митрополита в искоренении ереси, о чём писал в том же году Сарскому епископу Прохору. Новгородский архиепископ послал великому князю и митрополиту «подлинники» следственного дела еретиков. В начале 1488 г. в Москве был созван Собор, на котором рассматривались присланные Геннадием сведения. Исследователи полагают, что центральная власть (как духовная, так и светская) не придала особого значения этому делу, лишь три новгородца (два священника и диакон) были признаны виновными, за что их «биша... по торгу кнутьём». О соборном решении Новгородскому архиепископу, не участвовавшему в Соборе, сообщили в посланиях великий князь и Геронтий. Впоследствии Геннадий упрекал Геронтия в нерешительности: «Геронтий митрополит о том великому князю не подокучил, да тем еретиком конца не учинили». Попутно он ставил в вину Геронтию то, что тот не воспрепятствовал переносу храмов, монастырей и кладбища за пределы Кремля в связи с начавшимся в нём строительством. При Геронтии в Кремле служили переведённые великим князем в Москву из Новгорода в 1480 г. протопопы Алексий (в Успенском соборе) и Денис (в Архангельском соборе), которых Геннадий обличал как еретиков. По мнению Иосифа Волоцкого (1439–1515 гг.), изложенному в «Сказании о новоявившейся ереси», Геронтий «сам же убо христианьская мудръствуа, о прочих же ни мало попечеся, погыбающим... Христовемь овцамь еретическымь учением, или грубостию съдръжим, или не радяше о сих, или бояшеся дръжавнаго». Новый Собор на новгородских еретиков состоялся только после смерти Геронтия – в октябре 1490 г., при новопоставленном митрополите Зосиме, поставленному после длительной проволочки, тянувшейся больше года (видимо, придворные сферы, заражённые тайным учением жидовствующих, вели интригу за проведение на митрополичью кафедру благоприятного для них кандидата). Как предстоятель Русской церкви Геронтий возглавил ряд епископских хиротоний: в июле 1473 г. – хиротонию Никиты (Семешкова) во епископа Коломенского, в декабре 1477 г. – хиротонию Вассиана (Стригина-Оболенского) во епископа Тверского. В 1481 г. были поставлены Коломенский епископ Герасим (Смердков), Ростовский архиепископ Иоасаф (Оболенский) и Рязанский епископ Симеон, который в период управления Геронтием Коломенской епархией был протопопом в Коломне, затем являлся духовником митрополита. 4 сентября 1483 г. Геронтий возглавил хиротонию во архиепископа Новгородского троицкого старца Сергия (впервые в истории Новгородский владыка был избран по жребию в Москве).