9 декабря 1484 г. Суздальским епископом был поставлен спасский игумен Нифонт. 12 декабря 1484 г. «с благоволением и с советом сына своего, государя нашего великого князя Ивана Васильевича всея Руси» Геронтий возглавил хиротонию во архиепископа Новгородского Геннадия, неизменно выступавшего сторонником Иоанна III в конфликтах с митрополитом (ещё недавно, в январе 1482, по повелению Геронтия Геннадий был посажен в ледник под митрополичьей палатой за то, что разрешил братии Чудова монастыря пить после еды освящённую в Богоявленский сочельник воду; архимандрит был освобождён по ходатайству великого князя и бояр). При поставлении Геронтий потребовал от Геннадия исповедание веры, и тот справедливо расценил этот факт как проявление недоверия к себе. Последней хиротонией, которую возглавил Геронтий, было поставление Тихона (Малышкина) во архиепископа Ростовского 15 января 1489 г. По мнению издателей митрополичьего формулярника начала XVI в., Геронтию может быть атрибутировано «Послание митрополита всея Руси о утешении жене о мужи умершем». Издатели «Актов исторических» безосновательно приписали Геронтию два митрополичьих послания на Вятку о подчинении великокняжеской власти, которые являются вариантами грамот святителя Ионы. Свидетельства летописей о дне кончины Геронтия противоречивы. Наиболее надёжными исследователи признают сообщения официальной великокняжеской Воскресенской летописи (начала 1540 гг.) о том, что митрополит преставился 28 мая, и второй Софийской, Львовской и Никоновской летописей, отражающих митрополичьи своды 1518 г. и конца 1520 гг., которые пишут о кончине Геронтия в «канун Вознесеньева дни». По Ермолинской летописи, Геронтий «преставися месяца априля, погребён бысть Възнесеньев день», в агиографических источниках днём его кончины названо 5 мая. Геронтий погребён в московском Успенском соборе у северной стены рядом с гробницей святителя Ионы. Назван святым в первой редакции Вологодско-Пермской летописи конца XV в. Сохранилось краткое «Житие» святителя: «Месяца маия 5 день. Сказание о святем и блаженнем Геронтии, митрополите Московском», где особо отмечено его поставление «своими епископи на митрополию», перенесение в новопостроенный Успенский собор при нём мощей митрополитов Петра, Феогноста, Киприана, Фотия, нетленных мощей святителей Ионы и Филиппа I. «Житие» сообщает о написании образа Геронтия после совершившихся у его гробницы чудотворений («по преставлении же его и по чюдотворению»). Некоторые известия «Жития» исследователи признают недостоверными: о венчании Геронтием в 1482/1483 г. князя Иоанна Иоанновича Молодого с Еленой Волошанкой (в Вологодско-Пермской летописи говорится, что брак венчал спасский архимандрит Елисей), об освящении Геронтием в том же году Благовещенского собора в Московском Кремле (собор был освящён 9 августа 1489 – после смерти Геронтия); днём кончины святителя «Житие» называет 5 мая 1489 г. Имя Геронтия упоминается под 5 мая в Месяцеслове келаря Троице-Сергиева монастыря Симона (Азарьина; середина 1650 гг.): «Преставление преподобнаго отца нашего Геронтия, митрополита Московскаго, чюдотворца в лето 6997». Там же под 14 августа отмечено «освящение соборныя церкви святыя Богородицы, иж на Москве, Геронтием митрополитом в лето 6987». Под 5 мая Геронтий назван в «Описании о российских святых» (конец XVII–XVIII в.), в «Алфавите» старообрядческого монаха Ионы Керженского, где именуется чудотворцем. Канонизация Геронтия подтверждена включением его имени в Собор Московских святых, празднование которому установлено в 2001 г. (имеются тропарь и кондак святителю).