Следующий конфликт митрополита с великим князем возник во время освящения Успенского собора в Кремле. При совершении крестного хода Геронтий шёл против солнца, по мнению великого князя, он должен был идти «посолонь». После торжества по освящению нового собора недоброжелатели Геронтия (Ростовский архиепископ Вассиан и архимандрит кремлевского Чудова монастыря Геннадий (Гонзов), будущий Новгородский архиепископ) внушили князю, будто бы митрополит нарушил церковное предание, совершив крестный ход вокруг храма «не по солнечному всходу». Большинство духовенства и мирян были на стороне Геронтия, но Иоанн III, убеждённый наушниками, заспорил с митрополитом. Данный вопрос вставал и раньше, при митрополите Ионе, когда созванный в 1451 г. Собор постановил «ходити к востоку, как при тех митрополитех (Киприане и Фотии) было». Споры о «хождении посолонь», затихшие по случаю в 1480 г. по случаю нашествия на Москву хана Ахмата, разгорелись с новой силой через два года. По всей видимости, в окружении Геронтия в 1481 г. было составлено полемическое сочинение о порядке освящения храмов, где утверждается, что ходить «посолно» «есть ересь и Святому Писанию сопротивно». Данный вопрос обсуждался (по мнению исследователей, по просьбе Геронтия) за пределами Русской митрополии. В грамоте Василия, епископа Романова Торга (в Молдове), доставленной в Москву в 1484 г., «хождение посолонь» объявлялось уподоблением католикам. Так же расценивается «хождение посолонь» в краткой статье в составе сборника, датируемого 1490/1491 г.: «Аще ли кто от священник начнет инако мудрьствовати, яко же еретицы фрязи, анафема таковаго, и послушающеи его, яко единомысленници с ними осудятся». Иоанн III продолжал настаивать на своём мнении и до окончательного решения вопроса запретил освящать новопостроенные на его средства церкви Иоанна Златоуста на посаде и Рождества Богородицы в Кремле. 24 августа 1481 г. Геронтий, оставив посох в Успенском соборе, вернулся в Симонов монастырь с намерением отказаться от кафедры в случае, если великий князь не покается и не позволит ему невозбранно продолжать совершать церковные хождения против солнца. Учитывая, что абсолютное большинство духовенства и иноков были на стороне митрополита – в защиту Иоанна III выступали только Ростовский архиепископ Иосиф (Оболенский), сменивший на кафедре умершего в 1481 Вассиана, и архимандрит Геннадий (Гонзов), – правитель был вынужден уступить. Он послал к Геронтию своего сына (Иоанна Молодого) с просьбой вернуться на кафедру, но митрополит нашёл этот шаг недостаточным для извинения великого князя и не принял высокого посла. Князь уступил до конца и сам прибыл в Симоновский монастырь. Покаявшись, Иоанн III обещал впредь быть послушным митрополиту, и тот вернулся на свой стол. В этом столкновении проявились и смелое желание князя быть хозяином даже в делах своей церкви, и превосходящее в этом отношении значение авторитета митрополита, ещё не попавшего окончательно под власть своего государя. Правда, в другом столкновении 1478 г. сторона, на которой стоял великий князь, осталась победителем. Ростовский архиепископ Вассиан (личный враг Геронтия) задумал подчинить своему полному ведению находившийся в его епархии Кирилло-Белозерский монастырь, который исстари относился по административным, судебным, хозяйственным и вообще ктиторским делам к местному удельному князю верейско-белозерскому, каковым тогда был Михаил Андреевич.