Вся её прежняя организационная и территориальная структура упразднялась. Границы епископств должны были соответствовать границам департаментов, и их число сократилось со 134 до 83; десять епископств объединялись в архиепископство. Настоятели приходов (кюре), епископы и архиепископы должны были избираться ассамблеями выборщиков департаментов и дистриктов. Затем епископ рукополагал избранных кандидатов во пресвитеров, а архиепископ – кандидатов на епископские кафедры. Папе лишь посылалось уведомление о результатах состоявшихся выборов. Духовенство получало жалованье от государства, и должно было приносить присягу на верность нации, королю и конституции. Гражданское устройство было осуждено папой и вызвало раскол среди французского духовенства. Его отвергла примерно половина приходских кюре и викариев и подавляющее большинство епископата. Католическая церковь во Франции была подвергнута гонениям. В послереволюционной Франции галликанизм существовал как государственная политика по отношению к католической церкви и как течение в церкви. В конкордате, который 15 июля 1801 г. папа Пий VII (1800–1823 гг.) заключил с первым консулом Франции Наполеоном Бонапартом, нашла отражение традиция королевского галликанизма. Назначение епископов должно было происходить в «формах, установленных до смены правительства»: первый консул их назначал, а папа давал согласие на каноническую инвеституру. Случай разногласия между папой и главой государства по поводу кандидатуры епископа в конкордате не предусматривался. Священники должны были приносить клятву верности правительству, сообщать властям обо всём, что могло бы нанести ущерб безопасности государства, совершать молебны о благополучии республики и здравии консулов. Определение границ епископств признавалось исключительным правом духовных властей. О «Декларации четырёх статей» в конкордате не упоминалось. Поборников галликанизма не удовлетворили положения конкордата 1801 г. Бонапарта упрекали в том, что он пошёл на большие уступки папе. В результате правительство приняло закон (8 апреля 1802 г.), по которому к конкордату были добавлены 77 «органических статей». Папе объяснили, что иначе конкордат не сможет пройти процедуру утверждения законодательными ассамблеями. «Органические статьи», составленные юристом Жаном Этьеном Мари Порталисом (1746–1807 гг.), усиливали независимость французской церкви от Рима и контроль над ней со стороны государства. Для принятия французским духовенством решений Вселенских соборов и папских посланий, для созыва поместного Собора или Синода, для приезда папского легата или нунция требовались разрешения правительства. В духовных семинариях возобновлялось преподавание «Декларации четырёх статей». Всякое покушение на вольности и обычаи галликанской церкви считалось преступлением, подлежащим рассмотрению в Государственном совете. Согласно конкордату 1801 г., государство оплачивало часть расходов на отправление культа и жалованье духовенству, которое становилось частью государственных служащих. Чтобы по какой-либо причине на время оставить приход, священник должен был получить отпуск на основе приказа из министерства культов. В соответствии с галликанской правовой традицией папский нунций не имел права церковной юрисдикции в отношении французского духовенства. В XIX в. правительство назначало епископов, со временем влияние духовенства при подборе кандидатов на вакантные кафедры увеличивалось. К середине XIX в. стало правилом, что министр культов спрашивал у епископов имена предполагаемых кандидатов на будущие вакантные места. С 1870 гг. при назначении епископов министерство стало заключать конфиденциальные соглашения с папским нунцием, чтобы избежать возможного отказа из Рима правительственному кандидату. Таким образом, власть нунция над французским епископатом усиливалась. Республиканские правительства сохраняли прерогативу держать для французского епископата определённое число мест в коллегии кардиналов (обычно шесть–семь).