Прибыв в Болгарию, папские легаты начали активно утверждать в ней латинские учение и обычаи вместо православных. Вмешательство римской курии в дела Болгарии, где греческая церковь вела широкую и плодотворную миссионерскую деятельность, уязвило самолюбие византийцев и нарушило их кровные интересы. Фотий ловко воспользовался этим обстоятельством, придав (сверх того) борьбе с Римом догматическую окраску. Будучи твёрдым защитником истины и обличителем неправды, он известил окружным письмом Восточную церковь о делах папы, указав на отступление Римской церкви от древнего православия не только в обрядах, но и в вероисповедании. В окружном послании, которым епископы приглашались на Собор, Фотий протестовал против различных бытовых уклонений латинян (между прочим, в вопросе о целибате) и против учения об исхождении Святого Духа от Отца и от Сына (Filioque). На Соборе, состоявшемся в Константинополе во второй половине 867 г. под руководством царя Михаила и нового кесаря Василия, Фотиева партия восторжествовала: папу Николая I объявили низложенным и предали проклятию, а учение о филиокве объявил ересью. Начался раскол (так называемая «фотианская схизма»): впервые были отчётливо сформулированы расхождения между церквами, что в дальнейшем приведёт к окончательному разделению церквей. Фотий воспользовался также несогласиями, возникшими между папой и императором Людовиком II Немецким (849–875 гг.). Ему также были посланы постановления Собора вместе с письмом патриарха, в котором Фотий старался склонить Людовика на свою сторону. После убийства императора Михаила III основателем Македонской династии Василием I Македонянином (867–886 гг.) Фотий выступил против узурпатора. Внезапная перемена династии в Константинополе и почти одновременная смерть папы Николая I дали спору с Римом неожиданный оборот. Царь Василий I считал столкновение с Римом слишком опасным для своего воздвигнутого на преступлении престола и совершил новый церковный переворот, убедив Фотия сложить с себя патриарший сан; династические интересы в данном случае шли вразрез с национальными и церковными. Патриархом вновь стал Игнатий I. В Италию было отправлено новое посольство с извещением о восстановлении Игнатия на патриаршем престоле и с просьбой об его утверждении. Послы застали на римском престоле нового папу Адриана II (867–872 гг.), продолжавшего держать себя по отношению к Византии с той же резкостью и прямолинейностью, как и его предшественник. После прибытия послов Василия и Игнатия Адриан созвал в храме Святого Петра синод римского духовенства, на котором был предан анафеме Константинопольский собор, сожжены его постановления и повторены проклятия в адрес Фотия и его приверженцев. Затем три папских легата отправились в Константинополь, чтобы и там уничтожить постановления «ложного» Собора, настоять на требованиях Николая и добиться признания папского главенства. Под председательством этих легатов в храме Святой Софии с 5 октября 869 г. по 28 февраля 870 г. заседал Собор, названный римской церковью Восьмым Вселенским. Решения этого Собора, подписанные только 102 епископами-игнатианами, означали полную победу римской церкви: Фотий и его приверженцы были отлучены от церкви, все их действия уничтожены, Восточная церковь поставлена в зависимость от папской курии. Однако эта победа была непродолжительной. В вопросе о новообращённых болгарах даже игнатиане дали решительный отпор притязаниям папы, из-за чего немедленно после закрытия Собора борьба с Римом должна была возобновиться. Настроение народа и большинства духовенства было решительно на стороне Фотия, который с достоинством, не защищаясь, выслушал приговор Собора и удалился в Скепский монастырь. Точно так же поступили и его приверженцы, отказавшись подписать унизительную, составленную в Риме формулу и подчиниться решению управляемого легатами Собора, чем произвели на народ огромное впечатление, усилившее авторитет Фотия. Благоприятное для него движение усиливалось ещё и фанатизмом Игнатия и его низкопоклонством перед Римом.