В лице Фотия лучшие пастыри Восточной церкви чувствовали себя униженными перед ненавистным Западом. Не догматический и обрядовый спор, а глубокая национальная и культурная рознь между Западом и Востоком неминуемо вела к разделению и в церковном отношении. Всё с большей резкостью проявлялось то обособительное движение, которое началось политическим отделением Восточной империи, продолжалось во время христологических споров, усилилось во время иконоборчества и в XI в. завершилось разделением церквей. Царь Василий Македонянин с течением времени вполне подчинился влиянию Фотия, который был избран на роль воспитателя наследника престола, а  после смерти Игнатия, незадолго перед тем примирившегося со своим противником, опять возвёл Фотия на патриарший престол. Для укрепления своего положения патриарх пожелал примириться с новым папой, Иоанном VIII (872–882 гг.). По просьбе царя Василия папа прислал своих легатов на Собор, который должен был умиротворить церковь. На новом Соборе (879–880 гг.) Фотий не только добился признания, что могло быть истолковано в смысле извинения со стороны папской курии, но и настоял на включении в акты Собора (в опровержение предыдущего Собора) восточной формулы об исхождении Святого Духа (только от Отца). Столь же решительное поражение понесли папские легаты и в вопросе о главенстве римского престола, и в болгарском вопросе. Не добившись соглашения, кардинал Марин объявил, что Рим прекращает всякое общение с Фотием; папа Иоанн VIII снова отлучил патриарха от церкви. Даже воцарение миролюбивого императора Льва VI Мудрого (886–911 гг.), заставившего Фотия покинуть патриарший престол в пользу своего 16-летнего брата Стефана I Нового (886–893 гг.), внесло лишь весьма призрачный мир. Вторично низложенный, но сопровождаемый общим сочувствием, Фотий удалился в монастырь, где и умер между 891 и 897 гг. О последних годах его жизни имеются только скудные и малодостоверные сведения. Старинные известия относят его кончину к 891 г. в монастыре Арменианов в Команах Понтийских, куда он был сослан. Из-за примирительной политики, которой держалась Византия после 886 г., реабилитация Фотия через внесение его имени в Синодик православия могла произойти не без борьбы и колебаний и сравнительно поздно. Но уже один из ближайших преемников Фотия, его почитатель и ученик Николай I Мистик (901–907 гг.), активно содействовал очищению его памяти, а на Соборе 1156 г. наряду со святоотеческими приводились места из сочинений Фотия. Православная церковь почитает его как святителя и ревностного защитника православного Востока от владычества пап и как учёного богослова, оставившего многочисленные и разнообразные труды, посвящённые обличению заблуждений латинян, опровержению различных ересей, разъяснению Священного Писания, раскрытию различных предметов веры. Вторичное низложение Фотия отнюдь не привело к отречению греческой церкви от своих притязаний, и его церковно-политическая программа через несколько поколений была восстановлена с буквальной точностью. Дух Фотия настолько укоренился в Константинопольской церкви, что, несмотря на неоднократную поддержку папских притязаний византийскими императорами, она могла с успехом отражать властолюбивые попытки Рима, а дело Фотия было закончено патриархом Михаилом I Керулларием (1043–1058 гг.). В литературной и научной деятельности Фотия главное место принадлежит не богословским сочинениям, а тем, которые содействовали возрождению классической древности. Крупнейшее из его сочинений – «Амфилохии», названное так по имени кизикского митрополита Амфилохия, к которому обращается автор. Это ряд (более 300) учёных рассуждений, чередующихся без определённой системы, о разных вопросах светской и церковной науки. Это сочинение, более 3/4 которого касаются экзегетических вопросов по поводу текстов из книги Бытия, Пятикнижия, Псалмов и Евангелия, даёт исследователям возможность оценить высоту византийской образованности около середины IX в. Затронуты и догматические темы – учение о Святой Троице, искуплении, воплощении, иконопочитании и т.д. Автор совершенно не касается вопросов, по которым православная церковь расходилась с Римской, хотя сочинение написано во время первого изгнания Фотия (867–877 гг.). Он широко пользуется трудами Иоанна Дамаскина (около 675 – до 753 гг.), Феодорита Кирского (около 393 – 457/465 гг.), Кирилла Александрийского (376–444 гг.) и др. К экзегетическим сочинениям Фотия принадлежат также его библейские комментарии.