В области догматики он ещё меньше обогатил византийскую литературу, чем в области экзегетики. Только опровержением римской формулы об исхождении Святого Духа Фотий глубоко повлиял на догматическую литературу византийцев: этот вопрос красной нитью проходит через всю позднейшую богословскую литературу, породив неисчислимое количество трактатов. «О тайноводстве Святого Духа» исследователи называют главным сочинением Фотия, направленным против латинян, где автор соединил все доказательства, которые можно было почерпнуть в пользу греческой формулы из Священного Писания, Отцов церкви и богословской спекуляции. Отличительные черты этого труда – большая диалектическая ловкость и страстный тон. Фотий не нападает прямо на Римскую церковь, даже ссылается на прежних пап как на представителей истинного вероучения против Амвросия Медиоланского (около 340 – 397 гг.), Иеронима Стридонского (342 – 419/420 гг.) и Августина Блаженного (354–430 гг.). Позднейшие полемисты охотно пользовались этим трудом Фотия для борьбы с Римом. Другое его полемическое сочинение («Об отпрысках манихейских») посвящено опровержению главнейших учений манихеев и павликиан. К догматико-полемическим сочинениям Фотия исследователи относят и многие его письма. Например, известное его окружное послание к епископам (867 г.), письмо к патриарху Аквилейскому по поводу спора с латинянами, сохранившееся в армянском переводе письмо к Захарии, католикосу Великой Армении. Константинопольский патриархат не терял надежды вернуть к единению Армянскую церковь, единственную из Восточных церквей, с которой могли поддерживаться непосредственные сношения. Небольшое сочинение «Собрание (материалов) и доказательств», несмотря на своё церковно-историческое содержание, имело целью оправдать избрание Фотия. Полемические рассуждения против императора Юлиана Отступника (361–363 гг.) и еретика Леонтия Антиохийского до нас не дошли. Фотий был замечательным проповедником, но из его духовных речей сохранились лишь немногие, да и они не все напечатаны. Они были сказаны частью по поводу Господних и Богородичных праздников, частью по поводу исторических событий. Особенно ценными считаются две гомилии по поводу нападения русских (860 г.), принадлежащие к древнейшим свидетельствам о предприятиях русских против Византии. Оратор видит в нашествии грозных варваров тяжкую кару Божью за грехи христианства. Много богословских сочинений приписано Фотию неосновательно, но, с другой стороны, не подлежит сомнению, что под чужими именами скрываются подлинные труды патриарха. Ему приписывали «Номоканон», обработанный в 882 г., но позже это мнение было опровергнуто. На каноническое византийское право Фотий, тем не менее, оказал влияние: постановления Соборов 861 и 879–880 гг., включённые им в собрания канонов, постепенно получили почти вселенское значение. Гораздо выше значение святителя Фотия как светского писателя, тонкого ценителя и популяризатора классического образования. В «Библиотеке» (или «Мириобиблоне»), составленной по просьбе его брата Тарасия, был собран без систематического расположения по содержанию или литературным родам ряд отзывов о прочитанных в кружке Фотия книгах, то в виде летучих заметок, то в виде обстоятельных рефератов со значительными выдержками, иногда и с биографическими очерками. Это – огромная компиляция, вроде тех, за которые так охотно принимались византийцы. Поражает не только разнообразие и множество прочитанных в отсутствие Тарасия книг (в «Библиотеке» 280 отзывов и извлечений из сочинений грамматиков, риторов, натуралистов, историков, врачей, из соборных постановлений, житий святых и др.), но еще больше – тонкое и самостоятельное суждение Фотия; в этом отношении он – единственный из византийцев, выдерживающий сравнение с Аристотелем. Почти полное отсутствие поэзии (не считая метрических переложений библейского характера) ясно говорит о реалистическом направлении автора «Библиотеки». Особенно ценны извлечения из исторических сочинений, т.к. у Фотия были под рукой памятники, впоследствии совершенно или отчасти утерянные. Общеизвестные писатели (Платон, Ксенофонт, Аристотель, Фукидид, Полибий, Плутарх, Павзаний, Гиппократ) совершенно опущены в его критико-библиографическом пособии. Для облегчения чтения древних, особенно классических писателей, а также и Священного Писания, под редакцией Фотия был составлен его учениками «Словарь». В его письмах (до сих пор известно их более 260), имеющих разнообразнейшее содержание, ярко выступают индивидуальные особенности патриарха как глубокого учёного, остроумного собеседника и тонкого стилиста, соперничающего блеском своих риторических приёмов со старинными мастерами. Фотию также принадлежит собрание поговорок. Ряд более мелких трудов частью утерян, частью приписывается ему без достаточного основания.