В 1934 г. лагерь был реорганизован в Суздальскую тюрьму особого назначения НКВД, которая 1 июня 1939 г. была закрыта. 23 июня 1939 г. постройки Евфимиева монастыря перешли в совместное владение Горкомхоза и Суздальского музея, а 3 июля – целиком в ведение Горкомхоза. Распоряжением Ивановского обкома ВКП(б) от 10 декабря 1939 г. корпуса Евфимиева монастыря передавались областной тракторной школе, но вскоре, 20 июня 1940 г., в монастыре разместился лагерь для солдат интернированного чешского легиона польской армии. Среди легионеров в корпусах Евфимиева монастыря находился Людвиг Свобода (впоследствии Президент Чехословакии). С 28 декабря 1941 г. в Евфимиев монастыре размещался спецлагерь НКВД № 160: проверочно-фильтрационный лагерь для бойцов Калининского и Западного фронтов, а с 1 марта 1943 г. – лагерь для военнопленных офицеров (немцев, итальянцев, венгров и румын). Несколько месяцев в лагере находились командующий шестой немецкой армией фельдмаршал Фридрих Паулюс, генерал-лейтенант Артур Шмидт, а также большая группа немецких офицеров и генералов, взятых в плен под Сталинградом, – всего 560 человек. Преображенский собор, братский корпус и помещения бывшей монастырской тюрьмы были оборудованы нарами, в корпусе архимандрита размещались канцелярия, клуб, карцер, в бывшей Никольской церкви – комендатура и санчасть, в хозяйственном корпусе – столовая и санпропускник; вдоль стены выстроены бараки для солдат. В 1945 г. в Успенской трапезной церкви проводились католические богослужения пленным священником Вильбергом. Один из военнопленных, Джузеппе Баси, оставил альбом рисунков с видами монастыря 1943–1946 гг., который с 1990 гг. находится в фондах музея. В 1946 г. лагерь был упразднён, а монастырь передан отделу МВД по борьбе с детской беспризорностью, 1 сентября 1946 г. в зданиях Евфимиева монастыря открылась детская мужская трудовая колония для несовершеннолетних преступников, с весны 1948 г. – колония со швейным профилем для девушек, с 1964 г. – воспитательная колония для несовершеннолетних, не осуждённых судом, подчинявшаяся Министерству профтехобразования. В 1958 г. архитектурный ансамбль Евфимиева монастыря был передан Владимиро-Суздальскому музею-заповеднику, однако колония оставалась в нём до 1967 г. После выхода в 1967 г. постановления Совмина РСФСР «О создании в Суздале международного туристического центра» Евфимиев монастырь предполагалось переоборудовать в туристическую базу ВЦСПС на 350 мест. Однако в 1972 г. комплекс построек Евфимиева монастыря окончательно был закреплён за Владимиро-Суздальским музеем-заповедником, что привело к активизации реставрационных работ и музеефикации монастырских зданий. В Благовещенской церкви была организована экспозиция, посвящённая князю Д.М. Пожарскому, в Преображенском соборе экспонируются фрески XVII в., раскрытые в процессе реставрации 1968–2000 гг., с экспозицией «Сила Саввин и Гурий Никитин – выдающиеся живописцы середины XVII в.».