Согласно распоряжению министра внутренних дел графа Льва Алексеевича Перовского от 31 июля 1851 г., на месте предполагаемого захоронения велись раскопки под руководством графа Алексея Сергеевича Уварова. 23 февраля 1852 г. члены специальной комиссии, осмотрев вскрытые гробницы, идентифицировали останки князя Д.М. Пожарского. 24 февраля того же года, больше века спустя, была отслужена литургия с панихидой по «боярину князю Димитрию», которую возглавил епископ Владимирский и Суздальский Иустин (Михайлов). Затем раскоп был засыпан землёй, обнесён оградой, над могилой поставлен скромный столб с надписью, в 1865 г. на собранные пожертвования установлена мраморная часовня-усыпальница (проект архитектора академика Алексея Максимовича Горностаева), которая после доработок была торжественно открыта 2 июня 1885 г. В соборе также находятся могила Суздальского епископа Иова (ум. в 1594 г.) и памятная надгробная плита второй половины XIX в. Сибирского и Тобольского митрополита Павла (ум. в 1692 г.). До 1940 гг. на арестантском кладбище существовало захоронение декабриста князя Фёдора Петровича Шаховского, скончавшегося в тюрьме в 1829 г. Главной святыней Евфимиева монастыря были мощи Евфимия Суздальского, обретённые нетленными при копании рвов во время возведения Преображенского собора. После окончания строительства (около 1517 – 1518 гг.) мощи были перенесены в храм и помещены в раку. В 1550–1560 гг. святыня была перенесена в новый собор, сохранившийся до настоящего времени. Согласно монастырской описи 1660 г., в первой половине XVII в. гробница стояла в Никольском приделе. 22 февраля 1657 г. мощи переложили в новую раку, установленную в соборе «от праваго крилоса направе», как полагают исследователи, в Евфимиевом приделе. Старый гроб, «кой устроен был преж сего над мощьми чудотворца Еуфимия – три цки: две длинныя, одна короткая, а те дски обложены серебром», был помещён в «книгохранительницу». Новую гробницу покрыли бархатом, «с дву сторон круживо серебряно, кованое золотом», положили покров, шитый золотом и серебром по червчатому бархату, украшенный жемчугом. В подножии раки находилась серебряная лампада на оловянном поддоне – вклад боярина князя Ивана Ивановича Шуйского. В челобитной от 30 мая 1679 г. патриарху Иоакиму архимандрит Тимофей просил благословения «чудотворцу раку построить вновь, и обложить серебряным окладом, и в раке выслать стены достойно, и что марта в 29 день мастеров серебреников подрядили строить оклад на чудотворцову раку, сребреной, резной, и позолотить, как и у прочих святых бывают». В ответной грамоте от 28 июня того же года патриарх «раку строить не указали до тех мест, как в Суздале архиепископ будет». В 1683/1684 г. Суздальский митрополит Иларион переложил мощи основателя в новую раку, стоявшую в Евфимиевом приделе Преображенского собора. Согласно монастырским описям 1758 и 1763 гг., «около той раки с трех сторон оклад... с трёх сторон три карниза сребреные, не золочены, на длинной стороне два столбца сребряные... В раке обито бархатом золотым. Около раки решётка железная, золочена. Над тою ракою крышка, внутрь обита бархатом золотым. На той крышке в средине лист сребреной, золочён, на ним изображение образов Распятия Господня, Пресвятыя Богородици, Иоанна Богослова. Оная крышка сверху обложена вся сребром».