РПЦ в 1990 гг. было возвращено большинство отобранных в годы советской власти храмов, знаменитые исторические монастыри; в стране развернулось строительство новых православных церквей. Число приходов РПЦ выросло в 1990–1999 гг. с 3,4 тыс. до 8,5 тыс. Всего в РФ к 2000 г. действовали 9,2 тыс. зарегистрированных юридических организаций РПЦ (включая духовно-образовательные учреждения, монастыри, миссии, братства, сестричества и др.). Вместе с тем обустройство храмов и обителей, возвращавшихся церкви, как правило, в крайне ветхом, разрушенном состоянии, требовало много сил и средств. Снятие межгосударственных барьеров привело к возобновлению контактов с Русской православной церковью за границей. Однако первоначально в политике РПЦЗ превалировали попытки проникновения на каноническую территорию Московского патриархата, создания на ней собственных приходов, что провоцировало отход отдельных общин от РПЦ. В конце 1990 гг. в России было зарегистрировано 118 приходов, находившихся в юрисдикции РПЦЗ. Часть их к этому времени уже оформилась в самочинную «Российскую православную автономную церковь». Около 120 приходов относилось к другим неканоническим раскольничьим группировкам. Число зарегистрированных религиозных организаций старообрядческих церквей выросло за 1990 гг. со 140 до 211. С 10 до 43 увеличилось число зарегистрированных в РФ приходов Армянской Апостольской церкви. В 1990 гг. Римско-католическая церковь добилась значительного увеличения своего влияния в РФ. Число зарегистрированных католических организаций выросло с 23 в 1990 г. до 239 в 1999 г. На канонической территории Московского патриархата Ватикан ориентировался не столько на исторически исповедующие католицизм этнические группы (поляков, немцев, литовцев), сколько на представителей основных народов России. В 1991 г. в РСФСР было образовано две апостольские администратуры для католиков латинского обряда, ещё две появилось в 1998 г. Впоследствии апостольские администратуры стали основой для создания в России католических епархий. Католическая церковь стремилась к налаживанию контактов с государственной властью РФ. Б.Н. Ельцин дважды встречался с папой Римским Иоанном Павлом II: во время визитов в Италию в декабре 1991 и в феврале 1998 г. Две основные лютеранские церкви РФ (объединяющая немецких прихожан Евангелическо-лютеранская церковь в России, на Украине, в Казахстане и Средней Азии и представляющая финноязычные народы северо-запада России Евангелическо-лютеранская церковь Ингрии (ЕВЛЦИ)) в 1990 гг. увеличили число зарегистрированных организаций с 88 до 201, что во многом было связано с активной миссионерской деятельностью среди народов финно-угорской языковой группы (со стороны ЕВЛЦИ), в том числе с участием иностранных проповедников.