Знаменательным событием в истории отношений Российского государства к иудаизму стало участие Б.Н. Ельцина в сентябре 1998 г. в открытии Мемориальной синагоги в музейном комплексе на Поклонной горе в Москве. Помимо возглавляемого главным раввином России Адольфом Шаевичем Конгресса еврейских религиозных организаций и объединений России (КЕРООР), являющегося преемником существовавшего в СССР Всесоюзного совета еврейских религиозных общин, влиятельным органом стала образованная в 1998 г. Федерация еврейских общин России (ФЕОР), избравшая главным раввином России Берл Лазара. В отличие от КЕРООР, в который входят организации ортодоксального и реформистского иудаизма, ФЕОР объединяет хасидские общины. Буддийские религиозные организации в 1990 гг. увеличили численность с 16 до 176. В мае 1992 г. Б.Н. Ельцин посетил буддийский Иволгинский дацан и сделал заявление об оказании государственной помощи возрождению буддизма в России. Во второй половине 1990 гг. в отношениях российских государственных органов с традиционными буддийскими организациями возникла некоторая напряжённость в связи с необходимостью учитывать во взаимоотношениях РФ и Китая позицию, занимаемую главой буддистов Далай-ламой по вопросу о Тибете. Возрождение буддизма, прежде всего, затронуло Бурятию, Калмыкию и Туву, народы которых исторически исповедуют эту религию. Одновременно в городах России стали возникать буддийские религиозные общины неэтнического типа, нетрадиционные для буддийских направлений в России (группы китайского, вьетнамского и японского дзен-буддизма и др.). В 1990 гг. в России стали активно развиваться нетрадиционные религиозные движения (неохристианские, неоориенталистские, синкретические, оккультно-мистические, неоязыческие). Наибольший рост численности был отмечен у организаций, имевших структуры за рубежом. Крупнейшими из новых религиозных движений по числу зарегистрированных общин в 1999 г. являлись свидетели Иеговы – 305 организаций, Международное общество сознания Кришны – 125, Церковь Иисуса Христа святых последних дней (моромоны) – 24, Вера Бахаи – 23 организации. Из отечественных объединений подобного рода наиболее значительными были «Церковь Божьей Матери “Державная”» (Богородичный Центр), насчитывавшая в 1999 г. 20 зарегистрированных организаций и «Церковь последнего завета» (виссарионовцы) – 14 организаций. Активизация нетрадиционных движений, многие из которых являлись, по существу, тоталитарными сектами, вызывала обоснованное беспокойство у российского населения. По мнению специалистов, деятельность подобных организаций наносила серьёзный ущерб психическому, физическому, нравственному здоровью человека. Родственники лиц, пострадавших от тоталитарных сект и деструктивных культов, стали основой влиятельного общественного движения, получившего поддержку от традиционных конфессий.