Б.Н. Ельцин демонстрировал подчёркнуто благожелательное отношение к религиозным объединениям, придавая особое значение взаимоотношениям с РПЦ как крупнейшей конфессией страны, сыгравшей важную роль в её истории. После обращения 20 декабря 1990 г. патриарха Алексия II к Б.Н. Ельцину Верховный Совет РСФСР 27 декабря в знак уважения к религиозным чувствам верующих постановил объявить праздник Рождества Христова (7 января по новому стилю) выходным днём. 30 мая 1991 г. министр юстиции РСФСР Николай Васильевич Фёдоров вручил патриарху Алексию II свидетельство о регистрации Устава РПЦ. Таким образом, впервые за 73 года церковь получила в стране полноценное юридическое признание. При вручении свидетельства о регистрации министр отметил, что церковь вновь занимает достойное место в обществе и является «огромной ценностью» для народа России. 10 июля, во время вступления Б.Н. Ельцина в должность Президента России, приглашённый на церемонию патриарх Алексий II обратился к нему со словами приветствия, выразив надежду, что президент будет способствовать возвращению церкви её святынь, храмов и обителей. 5 декабря 1991 г. в обращении к главам конфессий и верующим России в день 60-летия уничтожения в Москве храма Христа Спасителя Б.Н. Ельцин выступил с осуждением политики «духовного геноцида», которая проводилась советским режимом и была направлена против представителей всех конфессий, когда «воинствующий в полном смысле этого слова атеизм убивал веру у каждого человека, не разбирая, каких он придерживается убеждений и к какой нации принадлежит». Б.Н. Ельцин призвал глав конфессий оказать помощь государству и обществу, укрепить дух людей, помочь им «в наиболее трудное время болезненных реформ». Со своей стороны Б.Н. Ельцин подтвердил стремление российских властей «устранить последствия глубоко несправедливой политики многолетней коммунистической диктатуры по отношению к верующим, передать духовные святыни, храмы, обители тем, кому они по праву должны принадлежать». Раньше, 15 ноября 1991 г., Б.Н. Ельцин подписал указ об использовании Московской патриархией храмов Московского Кремля. 16 июля 1992 г. в президентском Указе «О создании фонда возрождения Москвы» первоочередной задачей было названо воссоздание храма Христа Спасителя (все работы по строительству храма были завершены в декабре 1999 г.). С 1992 г. Б.Н. Ельцин и другие высшие должностные лица РФ по приглашению Московской патриархии присутствовали на патриарших пасхальных и рождественских богослужениях. Во время политического противостояния с Верховным Советом Б.Н. Ельцин неоднократно обращался за поддержкой и миротворческой помощью к религиозным деятелям страны.