Для выработки принципиальных подходов государственно-конфессиональной политики 24 апреля 1995 г. был создан консультационный Совет по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте РФ, в который вошли представители священноначалия РПЦ, исламские муфтии, главный раввин России, хамбо-лама, а также предстоятели старообрядческих церквей, руководители апостольских администратур Римско-католической церкви, религиозных объединений лютеран, евангельских христиан-баптистов, адвентистов, пятидесятников. В марте 1996 г. Совет был реорганизован, его дополнили государственные должностные лица, представляющие Правительство РФ, Федеральное собрание и Администрацию Президента РФ. При Б.Н. Ельцине в РФ были полностью сняты все ограничения на деятельность религиозных объединений со стороны государства, происходил рост числа организаций практически всех конфессий. Если в октябре 1990 г. (к моменту принятия Закона «О свободе совести…») в Российской Федерации было официально зарегистрировано около 5,5 тыс. религиозных организаций, то к 1 января 2000 г. их численность достигла 17,4 тыс., т.е. выросла в три раза. Важным показателем процесса религиозного возрождения стал выход конфессий из социальной изоляции, в которой они находились в течение советского периода. Различные формы социального служения религиозных объединений, включая милосердно-благотворительную, духовно-просветительную, миротворческую и патриотическую деятельность, стали с начале 1990 гг. важным фактором общественной жизни. Позитивная роль религиозных объединений в сохранении целостности Российского государства и установлении отношений доверия между народами была отмечена в «Концепции национальной безопасности Российской Федерации», утверждённой Указом Президента РФ от 17 декабря 1997 г. Вместе с тем в развитии религиозной сферы и государственно-вероисповедных отношений стали отчётливо проявляться и негативные явления: политизация религии, рост межконфессиональной напряжённости, вызванный стремлением придать религиозный характер бытовым и социально-политическим столкновениям, использование религиозных идей экстремистскими силами националистических и радикально-политических течений. Тревожными явлениями в религиозной сфере в начале и середине 1990 гг. стали конфликтные ситуации в ряде религиозных центров, вызвавшие расколы и образование параллельных структур, массированное наступление на позиции традиционных российских вероисповеданий со стороны иностранных религиозных миссий и их активный прозелитизм, а также стремительный рост новых религиозных движений иностранного и отечественного происхождения.