Направленные в 1601 г. в Кирилло-Белозерский монастырь царские писцы не только описали монастырскую казну и владения монастыря, но и установили своей властью нормы барщины и оброка монастырских крестьян, а также составили примерную смету доходов и расходов монастыря. Борис Годунов, как и другие члены рода Годуновых, покровительствовал костромскому Ипатьевскому монастырю, в котором находилось родовое кладбище Годуновых (там были погребены отец Бориса Годунова Фёдор Иванович Годунов по прозвищу Кривой, мать Стефанида Ивановна (в иночестве Снандулия), брат Василий Фёдорович, дед Иван Григорьевич, прадед Григорий Иванович (в иночестве Герасим), прапрадед Иван Иванович Годун (основатель рода Годуновых) и др.). Благодаря пожертвованиям Д.И. Годунова и Бориса Годунова в конце XVI – начале XVII вв. деревянная по преимуществу обитель была полностью перестроена в камне. В частности, в 1595–1597 гг. над св. вратами был возведён двухшатровый храм во имя Феодора Стратилата и мученицы Ирины (небесных покровителей царской семьи). В 1598 г., после воцарения Бориса Годунова, настоятель Ипатьевского монастыря был возведён в сан архимандрита. Борис Годунов оказывал особое покровительство также Иосифо-Волоколамскому и Троице-Сергиеву монастырям. Иосифо-Волоколамскому он, ещё будучи правителем, подарил село Неверово в Старицком уезде, Троице-Сергиев монастырь получил почти 1,5 тыс. руб. и 625-пудовый колокол. До вступления на трон храмоздательная деятельность Бориса Годунова ограничивалась строительством церквей в принадлежавших ему владениях: Богоявления в селе Красном Костромского уезда, во имя Святой Троицы в сёлах Хорошёве и Вязёмы под Москвой, огромный собор во имя святых Бориса и Глеба в Борисовом городке Верейского уезда с колокольней, почти равной по высоте колокольне Ивана Великого (достроены и освящены были в начале царствования Бориса Годунова). Его благотворительность по отношению к церкви приняла особенно широкий размах после вступления на трон. Именно в это время наиболее чтимые обители стали получать от него вклады, измеряемые многими сотнями и тысячами рублей. Особенно щедрыми были пожалования Троице-Сергиеву монастырю, который царь регулярно посещал на Сергиев день. Троицкий старец Варсонофий (Якимов) был крёстным отцом наследника престола – царевича Фёдора. Борис Годунов пожаловал монастырю много драгоценной церковной утвари, золотой оклад на икону Святой Троицы Андрея Рублёва. При нём завершилась начатая при царе Фёдоре работа по созданию драгоценных рак на гробницы русских чудотворцев. В 1601 г. царь лично отвёз раки на гробницы преподобных Макария и Пафнутия в Калязинский и Пафнутиев боровский монастыри. По его приказу были изготовлены золотые ковчеги для хранения частиц мощей, находившихся в царской казне. В 1600 г. по приказу царя был позолочен купол Троицкого собора в Пскове, в следующем году перестроена надвратная церковь Можайского кремля, где хранилась чудотворная икона Николы Можайского. По приказу Бориса Годунова был построен храм Николы Явленного на Арбате, отлит большой колокол для Успенского собора Московского Кремля.