Архиепископ Арсений Элассонский сообщал, что Борис Годунов возобновил и украсил «девичий монастырь» близ Москвы (Новодевичий). Желая поднять престиж Москвы как центра христианского мира, царь стремился уподобить её древнему центру этого мира – Иерусалиму. В 1598–1599 гг. на Красной площади было поставлено каменное резное Лобное место. Тогда же возник проект строительства на Соборной площади Кремля грандиозного храма Воскресения Господня по образцу храма в Иерусалиме. Колокольней при нём должна была стать надстроенная по приказу Бориса Годунова в 1600 г. колокольня Ивана Великого, для неё был отлит огромный колокол. Строительство было прервано смертью царя. Для будущего храма был изготовлен саркофаг, который воспроизводил хранившийся в иерусалимском храме Гроб Господень, вокруг саркофага находились золотые статуи двух ангелов, Богоматери, праведного Иосифа, св. Никодима и двенадцати апостолов. Одни статуи были разбиты при захвате Москвы сторонниками Лжедмитрия I, другие разрублены на куски и розданы в виде жалованья солдатам после захвата Москвы поляками. Борис Годунов активно содействовал основанию монастырей и храмов на территории Поволжья и в Сибири. После установления в середине 1580 гг. дипломатических отношений с Кахетинским царством туда из Москвы стали посылать иконы, книги «и всякое строенье церковное». Искреннее благочестие и забота об интересах православия сочетались у Бориса Годунова со стремлением к сближению с западными государствами и интересом к достижениям западной культуры, за что его порицал Авраамий (Палицын). После вступления на трон Борис Годунов, пытаясь найти союз сначала с Австрией, затем с Данией, предлагал руку своей дочери Ксении одному из австрийских эрцгерцогов, затем – брату датского короля Кристиана IV Иоганну; царь предполагал выделить будущему зятю удел в России, не требуя его перехода в православие. Борис Годунов посылал за границу агентов не только для найма иностранных специалистов (это делалось и раньше), но и для приглашения в Москву учителей. В начале XVII в. большая группа детей боярских была отправлена в Западную Европу «для науки разных языков и грамоте». Тело Бориса Годунова было погребено в Архангельском соборе Московского Кремля. Однако примерно через месяц после захвата власти Лжедмитрием I, его останки перезахоронили в Варсонофиевском монастыре в Москве. В августе 1607 г., в правление царя Василия Ивановича Шуйского, прах Бориса Годунова (а также его супруги Марии Григорьевны и сына Фёдора Борисовича, убитых по приказу Лжедмитрия) был торжественно перенесён в Троице-Сергиев монастырь и погребён под папертью Успенского собора; позднее рядом похоронили и дочь Бориса Годунова царевну Ксению Борисовну (в иночестве Ольгу). В настоящее время гробницы Бориса Годунова и членов его семьи находятся в особом склепе у северо-западного угла собора. Образ Бориса Годунова оставил глубокий след в русском искусстве: он привлекал Александра Сергеевича Пушкина (драма «Борис Годунов»), Алексея Константиновича Толстого (драматическая трилогия «Смерть Иоанна Грозного», «Царь Фёдор Иоаннович», «Царь Борис»), Модеста Петровича Мусоргского (опера «Борис Годунов» по драме Пушкина) и др.