Исследование податных тетрадей Иосифо-Волоколамского монастыря 1580 – начала 1590 гг. показывает, что эта пользовавшаяся покровительством Бориса Годунова обитель исправно уплачивала все государственные налоги. По расчётам Евгении Ивановны Колычевой, в конце 1580 гг. размер оброка с монастырских крестьян (в пользу монастыря) был в четыре раза меньше денежных поступлений с них в пользу государства. Даже по отношению к такой особенно близкой к царской семье обители, как Троице-Сергиев монастырь, Борис Годунов в 1598 г. ограничился «обелением» лишь монастырской пашни, остальные земли были обложены налогом по льготному окладу, использовавшемуся при обложении поместий. В начале своего царствования Борис Годунов освободил от уплаты налогов земельные владения патриарха, Новгородского и Казанского митрополитов, но жалованные грамоты монастырям, даже таким влиятельным, как Кириллов Белозерский и Спасо-Евфимиев, подтверждались с оговоркой «опричь наших денежных доходов». Собор 1584 г. подтвердил решения Собора 1580 г., запретившего монастырям покупать земли и принимать земельные вклады, а также принимать на свои земли закладчиков. На практике это «уложение» неоднократно нарушалось, в том числе самим царём Фёдором Ивановичем, который сделал ряд крупных земельных вкладов, в частности, в Ипатьевский и Троице-Сергиев монастыри. Исследователи при этом замечают, что в ряде случаев были пожалованы запустевшие земли, власть рассчитывала, что монастыри сумеют их освоить. Особое положение сложилось в Поволжье, где и Казанская кафедра, и монастыри постоянно получали крупные земельные пожалования, что было связано с заинтересованностью власти в христианизации недавно присоединённого края. Всё же после принятия этого закона рост церковного землевладения существенно замедлился. В отличие от царя Фёдора Борис Годунов, давая неоднократно (особенно после воцарения) богатые вклады в такие близкие ему обители, как Иосифо-Волоколамский и Троице-Сергиев монастыри, жаловал деньги и драгоценные предметы, но не земли. Затрагивала интересы церковных землевладельцев и практика (известная по документам из архива Троице-Сергиева монастыря), когда часть монастырских земель передавалась в держание помещикам, а монастырю вместо этого давались, в основном, запустевшие земли. Прямой ущерб интересам церкви наносило проводившееся по приказу Бориса Годунова «посадское строение», которое сопровождалось как принудительным возвращением на посад горожан, поселившихся во владениях церкви, так и включением в состав посада ряда церковных слобод в городах. По отношению к монастырям Борис Годунов использовал в широком объёме те права, которыми обладал глава государства в качестве ктитора. В 1592–1594 гг. (при Фёдоре Ивановиче) было проведено писцовое описание владений Троице-Сергиева монастыря, сопровождавшееся проверкой прав на землю. В описание наряду с данными о размерах земли и налоговых ставках были внесены подробные сведения о повинностях крестьян в пользу монастыря (очевидно, Борис Годунов намерен был осуществлять контроль за этой стороной монастырской жизни).