Когда в Речи Посполитой появился самозванец, выдававший себя за чудесно спасшегося царевича Димитрия, служилые люди юга признали его своим правителем и подняли восстание против Бориса Годунова. В разгар борьбы с восставшими царь неожиданно скончался от удара. Отношения Бориса Годунова с высшей церковной иерархией первоначально не сложились. Согласно рассказу Хронографа, митрополит Дионисий вместе с князем И.П. Шуйским, другими вельможами, противниками Бориса Годунова, и московскими купцами в 1586 г. принял участие в соборном челобитье царю Фёдору Ивановичу о его разводе с бесплодной женой. В конце 1586 г. митрополит был смещён с кафедры и сослан в Хутынский монастырь в Новгороде, вместе с ним утратил кафедру Крутицкий епископ Варлаам, сосланный также в Новгород в Антониев монастырь. С преемником Дионисия митрополитом Иовом, близким к правителю ещё до возведения на митрополичью кафедру, и другими иерархами у Бориса Годунова серьёзных конфликтов не было. Высших церковных иерархов и Бориса Годунова дополнительно объединяла «проиосифлянская» ориентация. В 1585 г. Ростовский архиепископ Евфимий позволил себе резкие отзывы об «иосифлянах», после чего был смещён с кафедры и заменён Иовом, который установил в 1591 г. общерусское почитание Иосифа Волоцкого. К «иосифлянам» принадлежал и один из виднейших иерархов того времени Ермоген Казанский (впоследствии Московский патриарх). Борис Годунов сыграл большую роль в учреждении патриаршества в России. Именно он вёл переговоры сначала с Антиохийским патриархом Иоакимом V Дау (1581–1592 гг.) в 1586 г., затем с посетившим Москву Константинопольским патриархом Иеремией II (1572–1579, 1580–1584, 1587–1595 гг.), добившись его согласия на учреждение Московского патриаршества в 1589 г. Не случайно при утверждении этого решения на Соборе в Константинополе в 1590 г. участники особой грамотой благодарили Бориса Годунова за милости и выражали свою радость, что могли удовлетворить его желания. Отношения Бориса Годунова с высшей церковной иерархией и впоследствии оставались достаточно тесными. Патриарх Иов (1589–1605 гг.) оказал активное содействие избранию Бориса Годунова на царский трон, церковь всем своим авторитетом поддержала Бориса Годунова в его борьбе с Лжедмитрием, предав самозванца анафеме. В 1584 г. при участии Бориса Годунова был созван Собор, который принял решение об отмене тарханов (тархан – освобождение от уплаты главных государственных налогов), которым пользовались многие влиятельные монастыри. Эта мера должна была быть временной («пока земля поустроитца»), но впоследствии решение не было отменено. Эта мера была проведена в жизнь, однако со временем началась выдача грамот с податными привилегиями, которые, впрочем, касались лишь отдельных владений, не распространяясь на всю вотчину монастыря.