К концу 1590 гг. определённое улучшение было налицо, хотя докризисный уровень не был достигнут. Борис Годунов видел выход из кризиса в развитии барского хозяйства, что должно было поддержать главную военную силу государства – помещиков. Указом 1594 г. была «обелена» (освобождена от налогов) барская запашка, государственная власть активно содействовала распространению барщины там, где её не было (в частности, на церковных землях). Эти меры тяжело сказывались на положении сельского населения, не оправившегося от последствий разрухи предыдущих лет. С этой же целью Борис Годунов содействовал отмене податных привилегий, которыми раньше пользовались богатые и влиятельные землевладельцы. Власти проводили сыск перешедших на эти земли помещичьих и черносошных крестьян и возвращали их на прежние места обитания. Запрет переходов крестьян, введённый в конце правления Иоанна IV в качестве чрезвычайной временной меры, стал при Борисе Годунове постоянно действующей нормой права. Писцовые описания 1580 – начала 1590 гг. сопровождались массовым возвращением беглых на прежние места, а запись в книги становилась основанием для «крепости». В 1597 г. был установлен пятилетний срок сыска беглых. Запрет переходов распространялся не только на крестьянское, но и на посадское население. «Посадское строение», проводившееся уже в годы царствования Бориса Годунова, сопровождалось массовым возвращением на посад людей, поселившихся во владениях частных лиц. Сильной стороной политики Бориса Годунова было использование положения, сложившегося в связи с бегством населения на южные и восточные окраины страны, для освоения этих территорий. На Нижней Волге были основаны Самара, Царицын, Саратов; на юге, в Диком поле, – Воронеж и Курск, позднее Белгород и Оскол. Пользуясь уходом крымских татар в 1590 гг. на войну против Габсбургов, Борис Годунов сумел продвинуть линии русской обороны в Диком поле далеко на юг, вплоть до Северского Донца, где в конце XVI в. была поставлена крепость Царёв-Борисов. Определённых успехов Борис Годунов достиг в области внешней политики. После удачной войны со Швецией правитель по Тявзинскому миру 1595 г. добился возвращения России новгородских пригородов, захваченных шведами в последние годы Ливонской войны. Укрепились позиции России на юге: в 1587 г. была восстановлена зависимость от России Большой Ногайской Орды, в 1588 г. возродилась русская крепость на Тереке, были возобновлены союзные отношения с кабардинскими князьями. К 1586 г. относится установление постоянных дипломатических отношений с Кахетинским царством, с кахетинским царём Александром велись переговоры о принятии царства под покровительство России и о совместных действиях против османов и враждебных Русскому государству князей на территории современного Дагестана. Было завершено завоевание Сибирского ханства.