В сентябре 1864 г. на конференции в Лондоне Карлом Марксом было учреждено Международное товарищество рабочих – I Интернационал. В 1868 г. Бакунин вступил в основанный Марксом интернациональный союз рабочих и хлопотал о присоединении к нему «Лиги мира и свободы», но это оказалось невозможным, т.к. в ней большинство членов не были даже социалистами. С другой стороны, руководители Интернационала вовсе не разделяли анархических взглядов Бакунина и не желали разрушения исторически сложившихся государств. Бакунин, вступив в товарищество, выступил против «государственника» Маркса и начал борьбу за главенство в этой организации, что, в конце концов, привело к расколу этой организации. Ставя во главу угла социально-революционной борьбы уничтожение государственности и всех форм современной буржуазной культуры, Бакунин считал своими противниками всех организованных Марксом и его последователями рабочих – социал-демократов, которые ему представлялись своего рода аристократами в рабочем мире. Выйдя в 1868 г. из «Лиги мира и свободы», Бакунин образовал новую организацию – «Международный союз за демократический социализм» («Alliance internationale de la Democratie socialiste»). В составе этого союза было учреждено особое тайное интернациональное братство, центральный комитет которого облёк Бакунина диктаторскими полномочиями. В том же 1868 г. он вместе с русским эмигрантом Николаем Ивановичем Жуковским (1833–1895 гг.) основал в Цюрихе журнал «Народное Дело», первый номер которого проповедовал противогосударственную программу и признавал умственное освобождение личности возможным только на почве атеизма и материализма, а социально-экономическое освобождение – требующим упразднения всякой наследственной собственности, передачи земли общинам земледельцев, а фабрик, капиталов и прочих орудий производства – рабочим ассоциациям, уравнения прав женщин с мужчинами, упразднения брака и семьи и общественного воспитания детей. В 1867 г. Бакунин издал работу «Федерализм, социализм и антитеологизм», в которой его философия религии была изложена с наибольшей ясностью. Его атеистический выбор был экзистенциально обоснован, прежде всего, радикальным требованием человеческой свободы, а его аргументы против бытия Бога исследователи называют «онтологическим доказательством атеизма» (Василий Васильевич Зеньковский) и предвосхищают аналогичные идеи Фридриха Вильгельма Ницше (1844–1900 гг.), Николая Гартмана (1882–1950 гг.) и Жан-Поля Сартра (1905–1980 гг.). Прослеживая историю религии и генезис идеи Бога в человеческом сознании, Бакунин стремился показать наличие необходимой связи между религией, теологией, с одной стороны, и отношениями власти – с другой. Бог есть «не что иное, как продукт нашей способности к абстракции, соединённой с религиозным чувством», преобразованной актом религиозной фантазии, причём в этом акте происходит не только отчуждение, но и радикальное извращение подлинной природы человека. Теология (т.е. признание бытия Бога в какой бы то ни было форме), согласно Бакунину, с необходимостью предполагает признание того, что человек по своей природе не может самостоятельно отыскать «путь справедливости и истины», что становится, в свою очередь, предпосылкой обоснования государства как регулирующей и репрессивной инстанции, обеспечивающей соблюдение принципов и исполнение законов, направленной, как и религия, на воспроизведение отношений господства и рабства между людьми. Таким образом, «антитеологизм» Бакунина оказывается тесно связанным с его антиэтатизмом и анархизмом. Хотя его религиозно-философские идеи излагались им в контексте политической полемики и не получили систематической разработки, они имеют большое значение как одна из наиболее интересных попыток анализа взаимосвязи религии и отношений власти, оказавшая влияние как на атеистическую, так и на религиозную мысль (концепция «социоморфизмов» Николая Александровича Бердяева). В 1869 г. на русском языке выходит издание «Манифеста коммунистической партии» Карла Маркса в переводе Михаила Бакунина. Когда в России начались крупные студенческие волнения, Бакунин принял деятельное участие в агитации среди молодёжи и сблизился с явившимся за границу Сергеем Геннадьевичем Нечаевым (1847–1882 гг.), который привлёк его своей необыкновенной энергией. Нечаев был приверженцем принципа «цель оправдывает средства» и признавал необходимым орудием революции обман и полное порабощение революционных деятелей, в сущности, принципиально резко отличался от Бакунина, но Бакунин во многом ему подчинялся, чем, конечно, в глазах многих сильно себя скомпрометировал.