Его энергия показалась опасной даже членам временного правительства, и они поспешили удалить его из Парижа, дав ему поручение в Германию и славянские земли. В Праге Бакунин написал статью «Основы славянской политики», напечатанную в газете «Dziennik Domowy» по-польски и в «Slavische Jahrbucher» за 1848 г. (№ 49) по-немецки. В этой статье проводится идея всеславянской федерации, высказывается мысль о праве каждого её гражданина на участок земли. В июне 1848 г. он принял активное участие в Пражском народном восстании («Святодуховское» восстание, усмирённое войсками), на которое Бакунин попал, прибыв первоначально в Прагу на Пражский славянский съезд. После подавления восстания в Праге он бежал в Германию, где продолжал поддерживать славянские связи и издал по-немецки «Воззвание к славянам» («Aufruf an die Slaven»), направленное против германизаторских стремлений франкфуртского парламента. В этом воззвании Бакунин ставит целью европейского революционного движения «учреждение всеобщей федерации европейских республик». В мае 1849 г. он стал одним из руководителей восстания в Дрездене. После подавления восстания Бакунин бежал в Хемниц, где был арестован, приговорён Саксонским судом к смертной казни. Он отказался подписать просьбу королю о помиловании, но смертная казнь всё же была заменена ему пожизненным заключением. Однако вскоре саксонское правительство выдало его Австрии, где он был в 1851 г. вторично судим Австрийским судом и осуждён на смертную казнь за участие в Пражском восстании, но и на этот раз заменённой пожизненным заключением. В том же 1851 г. он был выдан австрийским правительством царскому правительству России, отбывал заключение в Алексеевском равелине Петропавловской крепости (с 1851 по 1854 гг.) и Шлиссельбургской крепости (с 1854 по 1857 гг.). Находясь в заключении в Петропавловской крепости, Бакунин написал по требованию российского императора Николая I (1825–1855 гг.) известное произведение «Исповедь», в котором изложил свой взгляд на революционное движение и славянский вопрос. В 1857 г. (после семи лет заключения), уступая настойчивым хлопотам семьи Бакунина, Александр II (1855–1881 гг.) разрешил перевести его на вечное поселение в Сибирь. Сначала Михаил Бакунин поселился в ссылке в Западной Сибири, в Томске, где он женился на дочери проживавшего по соседству польского дворянина Ксаверия Квятковского – 18-летней Антонине Квятковской. В дальнейшем по ходатайству его родственника Муравьёва-Амурского он был переведён в Иркутск. Осенью 1861 г. Михаил Бакунин совершил побег из Сибири через Японию и Америку в Англию (Лондон), где был принят А.И. Герценом в состав издателей «Колокола». В Англии он начал свою политическую деятельность обращением к «русским, польским и всем славянским друзьям», в котором призывал к разрушению существующих, исторически сложившихся и держащихся одним насилием государств, в особенности таких, как Австрия и Турция, а отчасти и Российская империя. Бакунин выражал стремление к мирным федералистическим организациям, идущим снизу вверх, основанным на свободной воле взаимно договаривающихся славянских племён и народов. Вместе с тем приглашал все славянские народности принять лозунг тогдашних русских революционеров: «земля и воля» и выражал надежду, что возрождённая «хлопская Польша» откажется от своих исторических притязаний и предоставит малороссам, белорусам, Литве и латышам право свободного самоопределения. В конце 1862 г. он выпустил брошюру «Народное Дело. Романов, Пугачёв или Пестель?», в которой писал, что Александр II не понял своего назначения и губит дело своей династии. Бакунин утверждал, что если бы царь искренно решился сделаться «земским царём», созвал бы земский Собор и принял бы программу «земли и воли», то передовые русские люди и русский народ охотнее всего пошли бы за ним, предпочитая его и Пугачёву, и Пестелю. В этой брошюре впервые ставились определённые народнические задачи русской передовой молодёжи, и затем повторялась та же программа славянского федерализма, которая излагалась в его предыдущих статьях. В 1862–1863 гг. Бакунин со страстью отдался делу польского восстания. 24 февраля 1863 г. он приехал в Стокгольм для подготовки польского десанта в районе Паланги (под командованием Лапинского), закончившейся неудачей. С 1864 по 1868 гг. Бакунин жил в Италии (до 1865 г. во Флоренции, затем в Неаполе), где организовал целый ряд социалистических организаций, направленных одновременно и против всех существующих исторически сложившихся государств, и против христианского республиканизма итальянского патриота и писателя Джузеппе Мадзини (1805–1872 гг.). В 1867 г. он участвовал на конгрессе демократической «Лиги мира и свободы» в Женеве и выступил с речью, в которой доказывал невозможность мирной конфедерации существующих государств, основанных на насилии и централизации управления, и требовал их разрушения и замены свободными автономными обществами, организованными «снизу вверх».