Германские местные государи вообще были склонны принять базельские декреты. Между представителями императора (Энеа Сильвио Пикколомини, будущий папа Пий II; 1458–1464 гг.), папы (богослов Николай Кузанский) и курфюрстов начались переговоры, решившие судьбу Базельского собора. Евгению IV удалось путем частных переговоров и мелких уступок разъединить их силы, искусной дипломатией склонить на свою сторону императора Фридриха III, а потом обмануть князей. Соглашение с курфюрстами было достигнуто только в 1447 г. Имперские чины признали Евгения IV законным папой (впоследствии Фридрих III, а затем имперские князья заключили отдельные договоры с римской курией). В свою очередь, папа был вынужден согласиться на созыв нового Собора в Германии и признать декреты Констанцского собора о регулярности созыва «вселенских» Соборов и их верховенстве над папой. В ходе переговоров с участниками Базельского собора было достигнуто соглашение о том, что Феликс V на почетных условиях (ему был предложен сан кардинала) отрекается от папского престола (7 апреля 1449 г.), а новый папа Николай V (1447–1455 гг.) был признан Собором законным преемником Феликса V. Базельский собор, проводивший с 1447 г. заседания в Лозанне, 25 апреля 1449 г. принял решение о своем закрытии. Современная католическая церковь оценивает его значение негативно. Фактическая неудача Собора в проведении реформы католической церкви (его декреты не были официально признаны римским престолом) стала впоследствии одной из предпосылок Реформации. Деятельность Базельского собора ознаменовала наивысший взлет всех течений в концилиаризме (и затем их быстрый упадок) и породила большое количество трактатов сторонников и противников Соборного движения, где затрагивались отдельные вопросы реформы церкви (аннаты, запрет папского вмешательства в назначение на вакантные церковные должности, председательство папских легатов на Соборе, индульгенции) и была предпринята попытка определить полномочия, структуру, задачи Соборов. В работе Базельского собора в разное время принимали участие многие известные теологи, юристы и правоведы. Среди сторонников папы были Хуан де Торквемада с «Oratio synodalis de primatu» («Речь перед Собором о примате [папы]»), «Summa de ecclesia» («Сумма о церкви»), канонист Пьетро да Монте, написавший «De summi pontificis potestate» («О власти верховного понтифика), и А. Розелли с сочинением «De monarchia» («О монархии»). В защиту решений, принятых на Базельском соборе, выступили Иоанн Стойкович из Рагузы с сочинением «De ecclesia» («О церкви»), Геймерик из Кампо с «Disputatio de potestate ecclesiastica» («Размышление о власти в церкви»), Хуан из Сеговии с трактатом «De magna auctoritate episcoporum in concilio generali» («О большой власти епископов на вселенском Соборе»). Большое распространение в рукописях получили сочинения, появившиеся в период переговоров и полемики с гуситами, а также сочинения по другим богословским вопросам, обсуждавшимся на Базельском соборе (учение Августина Фаварони, осужденное Собором, догмат о Непорочном зачатии). Рукописные протоколы Собора, постановления, сочинения, трактаты и дневники участников (например, дневник Хуана из Сеговии) хранятся в библиотеках Базеля и Парижа. Их публикация была начата в конце XV в.