Вслед за Сигизмундом Собор поддержали и другие европейские государи. В Базель продолжали съезжаться участники, был установлен порядок работы Собора, налажено делопроизводство, обсуждение основных вопросов. Начались переговоры с гуситами, представленными Рокицаной, Прокопом Большим и др. Умеренные гуситы, устрашенные крайностями таборитов, охотно шли на компромиссы. После длительных дискуссий 15 января 1437 г. Собор ратифицировал компромиссные условия договора в Иглау (Иглауские компактаты, 1436 г.) между гуситами и королем Сигизмундом, составленные на базе Пражских компактат, которые признавали в Чехии причащение под обоими видами для мирян (хлебом и вином). Гуситам была разрешена свободная проповедь Слова Божия достойными священниками, были установлены наказания за смертные грехи духовенства. Со своей стороны, и гуситы должны были признать учение церкви и ее иерархию и обязались в дальнейшем не уклоняться от культа. Богатство для монахов и для всех, связанных обетом бедности, было осуждено, но сделана оговорка, что церкви, монастыри и даже отдельные лица из среды духовенства могут сохранять унаследованные или законно приобретенные имущества и управлять ими для блага церкви. Пражские компактаты затрагивали, в том числе, и светские вопросы (в частности, о судьбе утраченных церковных земель). В противоречиях такого постановления запутались даже гуситы, но получалась видимость восстановления единства вселенского католичества, хотя церковь сделала уступки стремлениям одной из резко уклонившихся от ее канонов национальных церквей. Между тем в Чехии борьба против таборитов закончилась их разгромом и гибелью Прокопа Большого под Чешским бродом (1434 г.). Несмотря на трудности созыва и сбора участников, а также обвинения со стороны папы в малочисленности, Базельский собор был довольно представительным. До середины 1443 г. в нем приняло участие в общей сложности около 3500 человек. Однако одновременно в заседаниях участвовали не более 450 членов Собора. Его участники перешли от обсуждения по «нациям» к работе по парламентской системе совещания, в специализированных комиссиях (декрет от 6 сентября 1432 г.). Все члены Собора поровну от каждой из «наций» и от каждой ступени церковной иерархии были распределены по 4 депутациям: по общим вопросам (de communibus), по вопросам вероучения (fidei), мира (pacis) и реформы церкви (reformatorii), председатели которых менялись ежемесячно. Заседания в депутациях, возглавляемых президентами, проходили три раза в неделю, выработанные решения должны были быть утверждены во всех других депутациях, после чего оглашались на общих сессиях Собора по пятницам. Особые выборные комиссии ведали приемом новых членов Собора и хранили печать. Все участники должны были присягнуть Собору в подчинении принятым постановлениям. Поскольку Базельский собор оспаривал у папы роль высшей апелляционной инстанции, к нему поступали многочисленные прошения (преимущественно в делах о пребендах (пребенда – определенный годовой доход духовного или светского лица, у католиков – установленная плата духовным лицам за совершение богослужения в церкви) и бенефициях). На Соборе существовали выборный судья, адвокаты, нотарии, была организована канцелярия (хотя затягивание дел и коррупция процветали не меньше, чем в римской курии). Решение вопросов на Соборе тормозилось борьбой национальных групп, отстаивавших интересы своих государств. Несмотря на то что уже на первом заседании было принято постановление о недопустимости местнических споров, между участниками Собора не прекращались конфликты из-за того, кто по своему рангу имеет право занимать более почетное место (например, споры между представителями германских курфюрстов и Бургундии, Бургундии и Бретани, Англии и Франции и особенно Англии и Кастилии). Сошедшиеся в Базеле светские чины во время Собора настаивали и на имперских реформах, вопрос о которых не раз поднимался во время гуситских волнений. Однако все эти планы находили неодолимое препятствие в противоположности интересов императора и местных князей.