Надежды на проведение церковных реформ казались более крепкими. Собор как будто приобретал преобладание над папой: его решения прямо вторгались в область абсолютной папской власти. Церковным корпорациям возвращалось право свободного выбора своих вождей и тем отнималось у папы назначение епископов и аббатов. В 1433–1436 гг. Базельский собор принял ряд декретов по реформе церкви: о возобновлении регулярного проведения провинциальных и диоцезальных Соборов, против распущенности духовенства, симонии, необоснованного вынесения церковными судьями отлучений и интердиктов, об ограничении прав апелляции к папскому суду, об отношении к иудеям и неверным и др. Из-за того что часть этих декретов ограничивала власть папы, они так и не были официально признаны римской курией, но нашли применение в национальных церквах (прежде всего, во Франции и в Германии). Наиболее важными и вызвавшими особые протесты со стороны папы и его сторонников являются декреты о новом порядке папских выборов и назначения кардиналов и об отмене аннатов и других платежей в папскую казну, связанных с получением бенефициев. Коллегия кардиналов наделялась новыми полномочиями, позволявшими ей контролировать принятие решений папой; в ее распоряжение поступала половина доходов. Число кардиналов ограничивалось 24-мя, при этом было установлено, что представители одной нации не могут составлять более 1/3 от их общего числа. Все члены коллегии должны были иметь степени докторов богословия или права. Кроме того, при восшествии на престол папа был обязан дать клятву регулярно созывать Соборы и подчиняться принятым на них решениям. Папа безуспешно протестовал. Но стесненный борьбой с противостоящей ему партией Колонна и под нажимом большинства церковных иерархов (в том числе Николая Кузанского), светских владык (короля Люксембургского Зигмунда, князя Миланского Висконти и др.), Евгений IV был вынужден смириться, отозвать свое решение о работе Базельского собора, признать не только декреты Собора, но и Пражские компактаты. Партия реформы становилась все смелее, решительнее обрушивалась на порчу и злоупотребления церкви, в частности, против безмерно выросших папских поборов. Но именно по этому пункту, подрывавшему средства римской курии, произошел разлад, и начался кризис. Чезарини и другие руководители умеренных перешли к защите пошатнувшегося могущества Рима, а крайние прогрессисты, во главе с арльским архиепископом Луи д,Алеманом во главе, вступили на революционную дорогу. Важнейшим богословским декретом считается признание на Базельском соборе 17 сентября 1439 г. догмата о Непорочном зачатии Богородицы, установление праздника в его честь (8 декабря). Этот декрет также не был признан католической церковью, поскольку был принят уже после переноса Собора в Феррару. Очередной конфликт между Базельским собором и папой Евгением IV обострился из-за разногласий по поводу места проведения будущего объединительного Собора с представителями Восточной церкви, которые отказались ехать в Базель и согласились заседать в 1437 г. в Ферраре (Италия), а в 1439 г. – во Флоренции, на что дал согласие и Евгений IV. Папские сторонники предлагали один из городов Италии, профранцузски настроенные члены Собора – Авиньон или один из городов герцогства Савойя, но большинство участников выступало за Базель. Конфликт привел к тому, что Евгений IV еще раз распустил Собор. Обсуждение этого вопроса вызвало раскол и среди участников Собора. Началось его разложение изнутри. Оппозиционное большинство не покорилось, наоборот, объявило о приостановлении полномочий папы, но выдержать протест не удалось. В результате сторонники папы во главе с кардиналом Чезарини демонстративно покинули Базель. Оставшиеся участники, во главе которых встал архиепископ Арля кардинал Луи д,Алеман, французский председатель Собора, вступили в открытое противостояние с Евгением IV.