Участники суда могли жаловаться архиерею на неправильные действия судей, а архиерей должен был утверждать решения бояр после публичного чтения судебных протоколов в присутствии заинтересованных сторон. По решению Собора сбор дани от десятильников был передан поповским старостам. Собор также предписал архиереям назначить в отдельных округах своими представителями авторитетных настоятелей монастырей или протопопов для руководства местным приходским духовенством. Решения Стоглавого Собора в полном объеме не были проведены в жизнь, но они положили начало снижению роли светских вассалов архиереев в жизни архиерейских домов. Круг материалов, позволяющих судить об архиерейских домах в XVII в., значительно шире, нежели в отношении более раннего времени. Для этого периода сохранились материалы из архивов Сарской и Вологодской епархий, новооткрытых Великоустюжской и Холмогорской епископий и менее значительные группы материалов из архивов других епархий. В 20-х гг. XVII в. в архиерейских домах возникли новые органы управления – приказы (для хозяйственных, административных и судебных дел). При патриаршем дворе были созданы Дворцовый, Казенный, Судный и Разрядный приказы. В каждом приказе сидел патриарший боярин, с дьяком и подьячими, и решал дела с доклада патриарху. Дворцовый, или вотчинный, приказ во главе с дворецким или стряпчим домовых дел управлял недвижимыми имуществами и землями архиерейского дома. Ему подчинялись вотчинные приказчики и посельские старцы, в нем составлялись земельные акты, производился суд по вотчинно-владельческим делам вотчинных крестьян. Дворцовый приказ осуществлял суд и управление вотчинами и крестьянами патриаршего дома, в нем заседали патриарший дворецкий и дьяк. В ведении Казенного приказа находились различные сборы с духовенства и мирян епархии, отчасти в нем было сосредоточено ставленническое делопроизводство. Казенный приказ также выполнял функции приходо-расходного отделения, в нем заседали два дьяка. Судный приказ вершил суд над светскими и церковными людьми по всем делам, входившим в юрисдикцию патриарха, в нем заседали два патриарших боярина и два дьяка. Разрядный приказ ведал службами и испомещением светских вассалов патриарха, там же надзирали и за исполнением церковными учреждениями своих обязанностей по отношению к государству, рассматривали дела о преступлениях против веры. В этом приказе заседали два боярина (один – от царя, один – от патриарха) и два дьяка. Эта реформа управления не была полностью заимствована другими епархиями. Так, в новгородском доме Св. Софии было лишь два приказа – Казенный (преемник казны), где заседали казначей-монах (в случае необходимости вершивший суд) и дьяк, и Судный приказ (разряд), где заседали дворецкий и два дьяка. Судебные функции двух приказов не были строго разграничены. Существовал и духовный приказ, по сути являвшийся канцелярией архиерея, который ведал церковно-административными и судебными делами, касающимися веры и благочестия, церковного благочиния и народной нравственности. Во главе духовного приказа стоял судья, обычно из монашествующего духовенства, и дьяк, позднее переименованный в секретаря. В период междуархиерейства они занимали первенствующее место среди домовых управителей. В непосредственном подчинении духовного приказа находились провинциальные духовных дел управители, число которых зависело от обширности епархии. Подобные же приказы с этого времени появляются и при домах других епархиальных архиереев.