Другим важным новшеством стало поручение (в соответствии с решениями Стоглавого Собора) архиереями в ряде епархий функций управления приходским духовенством на местах протопопам городских соборов или настоятелям крупных монастырей. Наметившиеся перемены получили дальнейшее развитие во второй половине XVII в. после решений Соборов 1666–1667 гг. и 1675 г., передавших суд над духовными лицами исключительно назначенным архиереями представителям духовенства. В жизни архиерейских домов эти решения нашли свое отражение в том, что в состав Судного приказа был введен духовный судья (чаще всего настоятель монастыря). Еще более важное значение имело назначение архиереями в административные округа наместников из числа духовных лиц. Приходское духовенство должно было выплачивать определенные средства (налог «за десятилнич доход») на содержание светских вассалов архиерея, но от управления духовенством владычные дети боярские были отстранены. Все это вело к упадку роли и значения служивших архиерею детей боярских в епархиальном управлении. Этому способствовала также политика государственной власти, которая в XVI–XVII вв. неоднократно отписывала у архиерейских домов детей боярских вместе с их поместьями. Помимо центра суда и управления архиерейский дом являлся также центром духовного просвещения. Здесь по благословению архиерея владычные писцы переписывали книги (сохранились сведения о подобной деятельности Новгородских архиепископов в XIV–XV вв.), при архиерейском доме подчас имелись и мастерские ювелиров и иконописцев. В период реформ Петра I в архиерейских домах сохранялись приказы. Упадок значения архиерейских домов начался после издания «Духовного регламента» (1720 г.), в котором содержался пункт, предусматривавший создание коллегии для управления епархией из монашествующих и священнослужителей сверх «обычных домовых... управителей» в случае отсутствия или немощи архиерея. После появления духовных консисторий, которым были переданы церковно-административные и судебные вопросы, в ведении архиерейского дома остались только функции управления имуществом, принадлежавшим архиерейской кафедре. Процесс замены приказов консисториями начался со времени учреждения Святейшего Синода (1721 г.) и продолжался в течение нескольких десятилетий. Указом от 9 июля 1744 г. все архиерейские домовые правления было предписано именовать консисториями, ее первенствующим членом являлся епархиальный архиерей. Уездные духовные приказы были переименованы в духовные правления, имевшие свой штат чиновников и служителей, не входивших в штат архиерейского дома. Казенный и вотчинный приказы при консисториях образовали экономический стол, или канцелярию. В некоторых епархиях приходо-расходное отделение консистории именовалось экономической конторой, которую возглавлял экономом. В отношении к Синоду все архиерейские дома с их учреждениями были разделены на три повытья, каждое из которых находилось в ведении отдельного синодального секретаря. Со времени учреждения Синода почти все епархии должны были держать в Москве и Санкт-Петербурге особых стряпчих для принятия и рассылки указов. Несмотря на указы Петра I, запрещавшие держать в архиерейских домах «лишних служителей», домовые штаты вплоть до 1764 г. оставались многолюдными. Помимо лиц духовного звания в штате находились приказные, стряпчие, дворецкие, комиссары, дворяне, ремесленники, дворовые слуги. Так, в 1725 г. персонал новгородского архиерейского дома насчитывал 1233, ростовского – 498, псковского – 288, тверского – 240, крутицкого – 151 служителя.