По этой причине большинство архиерейских домов не могли вносить всех установленных сумм, иногда правительство возвращало часть «заопределенных» сумм архиерейских домов. Вотчины и все доходы «определенных» архиерейских домов, в свою очередь, разделялись на «определенные» и «заопределенные». Доходы с первых шли на содержание архиерейских домов, а сами вотчины находились в ведении домовых служителей. Вторые находились в ведении светских властей, доходы с них поступали в счет «заопределения» в Монастырский приказ. Негативно отразилось на экономическом положении архиерейских домов учреждение губерний (1708 г.), поставившее отдаленные вотчины, принадлежавшие архиерейским домам, в тройную зависимость: по духовным делам – от епископа той епархии, в которой находилась вотчина, в отношении денежных платежей – от губернских и провинциальных властей, в отношении натурального оброка – от своего архиерейского дома. Ко времени учреждения Синода вотчины церковных учреждений оказались разоренными и были возвращены (под высшим ведением Синода) в заведование епархиальных властей. Однако устранить светские власти от вмешательства в управление архиерейскими вотчинами было невозможно, т.к. обязанность собирать подушную подать с 1718 г. оставалась их прерогативой. Только к концу 1727 г. Синод добился высылки из большинства епархий ведомостей для определения окладов и сбора подушной подати. Еще более пагубным для экономики архиерейских домов было изъятие у них промысловых угодий и доходных статей (рыбных ловель, мельниц, мостов, кузниц, перевозов, ярмарок, соляных варниц). В ведомство Монастырского приказа в 1701 г. эти доходные статьи были отписаны у крутицкого и нижегородского архиерейских домов, в 1704 г. – у астраханского, казанского и холмогорского, в 1723 г. в ведомство Коллегии экономии перешли доходные статьи тобольского архиерейского дома. Во времена Анны Иоанновны с владений архиереев был даже учрежден сбор на содержание конных заводов, устроенных тогда в широких масштабах из-за страсти Бирона к лошадям. Все это сильно влияло на архиерейские дома, которые быстро беднели и теряли свое прежнее административное значение. В период правления Елизаветы Петровны, когда место Коллегии экономии заняла Канцелярия синодального экономического правления, положение архиерейских домов несколько улучшилось. Открытые в 40-х гг. XVIII в. Санкт-Петербургская, Московская, Переславль-Залесская, Костромская, Владимирская и Тамбовская епархии содержание получали из средств монастырей, обращенных с этой целью в кафедральные. Синод удержал в своих руках сборы с области своего бывшего управления, поступившись только средствами Тамбовской кафедры, а Коллегия экономии уступила лишь «заопределенные» средства кафедральных монастырей. Статьями расходов архиерейских домов являлись: расходы церковно-богослужебного характера, выдача жалованья соборянам, придворному и домовому штату, содержание архиерея и его штата, содержание архиерейских подворий в Москве и Санкт-Петербурге. Расходы в «определенных» архиерейских домах всегда превышали их доходы. До учреждения Синода устройство школ зависело от личной инициативы архиереев и происходило за счет архиерейского дома. В 1702 г. была открыта школа при ростовском архиерейском доме, в 1706 г. – при новгородском, в 1714–1715 гг. – при смоленском и иркутском. Существовали школы в Киевской, Черниговской, Переславской епархиях. По «Духовному регламенту» содержание учителей и обеспечение учеников пособиями возлагались на архиерейские дома, средства на содержание учеников следовало получать из монастырей и церквей, однако на практике обязанность содержать школы была возложена всецело на архиерейские дома. В XVIII в. при них существовали семинарии: Нижегородская (до 1743 г.), Крутицкая (1744–1751 гг.), Вологодская, Вятская (до 1744 г.), Холмогорская, Воронежская, Астраханская, Тобольская. За исключением новгородского и смоленского, получавших в сумме «определенных» окладов средства на содержание школ, в бюджете архиерейских домов таких сумм не предусматривалось.