В царствование Александра I указами 1805, 1810, 1819 гг. (вопреки указу Петра I) архиерейским домам было предоставлено право с Высочайшего соизволения приобретать ненаселенные земли. Кроме того, принадлежавшие им городские здания были освобождены от военного постоя и большинства городских повинностей, а земельные и лесные угодья – от поземельного сбора. Архиерейским домам, пострадавшим в Отечественную войну 1812 г., выдавались пособия из казны. 4 июня 1824 г. Александр I утвердил мнение Государственного Совета о наделении монастырей и архиерейских домов землями. В XIX – начале ХХ в. правительство неоднократно издавало распоряжения, подтверждавшие неотчуждаемость церковных земель. В 1835 г. было повторено распоряжение о наделении архиерейских домов из казны мельницами и угодьями. В ряде случаев некоторым кафедрам отводились наделы в 200 и 300 десятин, вместо недостающих угодий назначалось денежное содержание. В 1841 г. штатные оклады по Духовному ведомству были переложены с ассигнаций на серебро, причем для некоторых архиерейских домов они были увеличены. После освобождения крестьян от обязательной службы при архиерейских домах в результате реформы 1861 г. на наем служителей архиерейских домов была ассигнована особая сумма из общественных сборов с государственных крестьян в размере 307 850 рублей в год. Принятием в 1841 г. Устава духовных консисторий была заложена единая правовая основа для деятельности архиерейских домов, управление которыми стало обязанностью консистории. В 1867 г. разделение епархий на классы было отменено и утверждены новые штаты архиерейских домов. Оклады были установлены в зависимости от местных условий: архиереям –  от 1500 до 7828 рублей, на содержание служителей и свиты – от 3110 до 5 тыс. рублей. В 1911 г. расходы на архиерейские дома (включая сборы и оклады епископов) составляли 939 302 рубля. 70–80% их денежных средств составляли доходы от земельных владений и от эксплуатации угодий. В отношении недвижимых церковных имений на национальных окраинах Российской империи правительство в XIX в. продолжало политику секуляризации. В 1841 г. последовало распоряжение об изъятии в казну всех населенных земель, находившихся во владении архиерейских домов в Западном крае. 20 июля 1842 г. было утверждено Положение об обеспечении православного духовенства (в том числе и архиерейских домов) в западных губерниях Российской империи. В 1852 г. были изъяты в казенное управление недвижимые церковные имения в Грузии, обращенные в государственную собственность в 1869 г. В 1871 г. подобные меры были распространены на Имеретию и Гурию, в 1880 г. – на Мингрелию. На содержание духовенства в Западном края были назначены высокие штатные оклады, духовные ведомства Грузии, Имеретии, Гурии и Мингрелии получили сумму, равнявшуюся арендным доходам с отобранных имений. В конце XIX в. в состав архиерейских домов, как правило, входили эконом, казначей, несколько иеромонахов, иеродиакон, псаломщик, келейник и хор из нескольких десятков певчих. Устав духовных консисторий 1883 г. предписывал епископам управлять архиерейскими домами через экономов, по повелению архиереев управители архиерейских домов время от времени привлекались к решению общеепархиальных дел (главным образом, к проведению расследований). Архиерейские дома были уничтожены принятием 23 января 1918 г. декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви», лишившего церковь права юридического лица и права владения собственностью.