В 2005 г. Священный Синод РПЦ принял решение приостановить двусторонние отношения с церковью Швеции, Генеральный синод которой постановил учредить официальный обряд благословения однополых союзов. В 2007 г. церковь Норвегии приняла решение о возможности ординации людей, открыто декларирующих свою нетрадиционную ориентацию, если тот или иной епископ этого пожелает. Сотрудничество с инославными христианами в России и других странах канонической территории РПЦ в межсоборный период оставалось плодотворным в областях противостояния аморализму и развития церковно-государственных отношений. При этом патриарх отметил, что прозелитическая активность некоторых протестантских организаций осложняет сотрудничество с ними Русской церкви. Говоря о взаимодействии РПЦ с международными христианскими организациями, такими как ВСЦ и КЕЦ, первосвятитель признал возможным продолжение контактов с ними с целью свидетельства об истине православия, проповеди традиционных евангельских ценностей перед лицом протестантского мира и обсуждения общественно значимых тем. В то же время патриарх подчеркнул, что будущее взаимоотношений РПЦ с межхристианскими объединениями зависит от их способности не становиться на позицию пересмотра основ евангельской этики. Взаимодействие с нехристианскими религиями в России в межсоборный период продолжало осуществляться в рамках Межрелигиозных Советов России и СНГ. В 2006 г. в Москве был проведён Всемирный саммит религиозных лидеров, в котором приняли участие предстоятели поместных православных церквей, главы и представители христианских, мусульманских, иудейских, буддийских и других религиозных общин из 49 стран мира. На этой встрече обсуждались проблемы социальной напряжённости, экстремизма и террористической угрозы. Высоко оценив уровень взаимодействия РПЦ с нехристианскими религиями, патриарх Алексий II, однако, упомянул о высказываниях отдельных представителей ислама и иудаизма, направленных против преподавания основ православия в государственной школе и христианского окормления военнослужащих в армии. В заключение доклада патриарх определил основные цели и задачи церкви на ближайшие годы. Была отмечена необходимость укрепления межправославного единства, взаимодействия между различными общецерковными и епархиальными структурами, совершенствования системы религиозного и богословского образования. Патриарх указал на важность сотрудничества с государством в социальной и образовательной сферах, выразил надежду на скорое введение основ православной культуры в общеобразовательных школах, а также призвал сосредоточить внимание на задачах развития жизни церковных общин, просветительской деятельности, служения мирян и работы с молодёжью. Со следующим докладом, посвящённым работе Синодальной комиссии по канонизации святых, выступил глава комиссии митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков). Докладчик сообщил, что в межсоборный период в Собор новомучеников и исповедников Российских ХХ в. были включены имена 177 подвижников, пострадавших за веру в годы гонений. Епархиальные комиссии по канонизации, созданные по решению архиерейского Собора 1992 г., более десяти лет вели успешную работу по изучению и сбору сведений о новомучениках и исповедниках Российских в атмосфере взаимопонимания и сотрудничества с работниками государственных и ведомственных архивов.