Однако ради сохранения церковного мира РПЦ согласилась по итогам проведённых впоследствии переговоров урегулировать эту проблему. Отпускные грамоты епископа Василия и последовавших вслед за ним клириков были направлены в Константинопольскую патриархию. Нерешённым остаётся и эстонский церковный вопрос. Константинопольский патриархат не исполняет соглашения, достигнутые на переговорах с РПЦ. Более того, в октябре 2007 г. на заседании комиссии по богословскому диалогу между православной и Римско-католической церквами без предварительного согласования в число участников в качестве отдельной делегации были включены представители ЭАПЦ Константинопольского патриархата. Такой шаг сделал невозможным продолжение работы в комиссии для делегации Московского патриархата. Несмотря на официальные заявления Константинопольского патриархата о том, что УПЦ МП является единственной канонической украинской церковью, при посещении Украины представителями Константинопольской церкви имели место действия, которые интерпретировались как оказание поддержки раскольническим группам. Озабоченность РПЦ вызвали и попытки Константинопольского патриархата распространить свою юрисдикцию на территорию Китайской автономной церкви. Напряжёнными оставались и отношения с Румынской православной церковью в связи с учреждением трёх епархий в составе так называемой «Бессарабской митрополии». Священный Синод РПЦ выступил с решительным протестом против этого антиканонического деяния и довёл свою позицию до сведения поместных православных церквей, которые выразили серьёзную озабоченность в связи с данной проблемой. Патриарх Алексий II отметил улучшение отношений со старообрядчеством. Это выразилось в проведении регулярных встреч и консультаций с предстоятелями и представителями старообрядческих согласий; делегации старообрядцев участвовали во многих церковно-общественных форумах. Затем патриарх рассказал о межхристианских отношениях. Диалог РПЦ с Древними восточными церквами дохалкидонской традиции ведётся как на всеправославном уровне, на котором обсуждаются богословские вопросы, так и в рамках двусторонних собеседований, на которых рассматриваются церковно-исторические темы, и обсуждаются актуальные проблемы современности. С Римско-католической церковью плодотворно обсуждаются проблемы современного мира: защита традиционных христианских ценностей, роль религии в жизни общества, нравственные проблемы, отношение к семье. При этом основными проблемами в двусторонних отношениях остаётся католический прозелитизм на канонической территории РПЦ и притеснение православного населения Западной Украины со стороны греко-католического большинства. Отметив результативность богословского диалога и совместной социальной работы РПЦ с Евангелической церковью в Германии и Евангелическо-Лютеранской церковью Финляндии, патриарх Алексий II выразил сожаление в связи с углублением и расширением тенденции отказа от евангельских нравственных принципов в протестантском мире. Так, в странах Англиканского содружества распространилась практика «благословения» однополых союзов и рукоположения лиц, открыто отрицающих принципы традиционной евангельской нравственности.