В дальнейшем Соборное уложение 1649 г. установило, что суд над церковными людьми по всему кругу дел, кроме сугубо духовных, будет производиться в специальном государственном ведомстве – Монастырском приказе. Данное установление нельзя было признать достаточно прочным, и патриарх Никон с этим учреждением практически не считался. Большой Московский Собор 1666–1667 гг. подтвердил постановление «Стоглава» об исключительной подсудности церковных людей архиерейскому суду, после чего Монастырский приказ лишился своих судебных прерогатив, а в 1677 г. был упразднен.

С самого начала возникновения патриаршества из ведения светской власти была изъята Патриаршая область, остававшаяся на положении автономного удела. Епархия представляла собой церковное государство внутри светского, в котором все пошлины и дани наряду с церковными сборами и оброками находились в ведении патриарха и поступали в его казну. При патриархе Филарете в Патриаршую епархию входило более 40 городов, а в составе патриаршего дома были учреждены приказы, аналогичные соответствующим государственным ведомствам. Наиболее важную роль среди них играл Приказ духовных дел, именовавшийся также Патриаршим разрядом, который ведал судом над церковными людьми. Государственная власть, считаясь с авторитетом патриарха, подтвердила полноту его судебных прерогатив. И хотя после смерти Филарета ряд привилегий был отменен, Соборное уложение, усилив Монастырский приказ, оставило в неприкосновенности судебные полномочия Патриаршего разряда. Таким образом, вотчинный и судебный иммунитет Церкви сохранялся до самого конца московского периода. Причем его ограничение отнюдь не являлось актом государственного произвола. Ликвидация удельно-государственного положения архиерейских кафедр и монастырей в условиях становления централизованного Русского государства являлась объективной необходимостью, но ясного понимания сути данного процесса не было ни у Церкви, ни у светских властей.

Кризис московской симфонии священства и царства возник в результате старообрядческого раскола, выявившего противоречивость народного восприятия доктрины «Москва – Третий Рим». Его спровоцировало начатое в 1653–1656 гг. по инициативе царя Алексея Михайловича и патриарха Никона исправление церковных обрядов и богослужебных книг. Поскольку в основе доктрины лежала идея преемства Московской Русью «Ромейского царства», то она подвигла правящие круги на укрепление церковного единства с православным Востоком. Первой ступенью по замыслу патриарха должна была стать унификация обрядов Русской и Греческой Церквей. Этим объясняется поддержка, оказанная царем движению так называемых ревнителей благочестия – столичного и провинциального духовенства, выступивших за исправление богослужебных книг и обрядов. Первоначально усилия реформаторов сосредоточились на упразднении многогласия в церковной службе. Оно заключалось в том, богослужение из монастырей, где оно собственно и сформировалось, было перенесено на приходские церкви. Но поскольку времени у прихожан на посещение церковной службы было несравненно меньше, чем у монахов, а сокращение службы было недопустимо, то его объединили как бы в несколько потоков. В результате несколько попов одновременно пели и читали молитвы, из-за чего в храме стоял невообразимый гвалт, и в этом хаосе миряне пускались в разговоры между собой, не воздерживаясь и от смеха. В результате от прихожан ускользал смысл самого богослужения. Попытку ограничить многогласие предпринял патриарх Иосиф I, давший указание совершать богослужение только в два голоса, а по нужде и в три, но не более.