Однако ведущее место в материальном обеспечении Церкви занимали доходы от собственных земельных владений, которые постоянно увеличивались. Московские государи стремились не только поставить под свой контроль умножение церковных вотчин, но даже провести их частичную секуляризацию, т.е. изымание. Впервые подобные действия были предприняты Иваном III в 1478 г. в связи с ликвидацией независимости Новгорода Великого, но подобный опыт великий князь задумал распространить на всю страну. Для этого он попытался использовать неоднозначное толкование понятия «нестяжание» (т.е. невладение земным богатством), составлявших наряду с послушанием и целомудрием одну из основополагающих норм монашеской жизни. Нестяжатели, сгруппировавшись вокруг кирилло-белозерского старца Паисия Ярославова и его ученика Нила Сорского, рассматривали нестяжание как общецерковный идеал и выступали против монастырского землевладения. Поборниками противоположного религиозного идеала выступили упоминаемый выше Иосиф Волоцкий и его ученики, которые получили название иосифляне. В монашеской жизни они видели, прежде всего, социальное служение, успешное осуществление которого возможно лишь при наличии у монастырей солидных материальных ресурсов.

Опираясь на нестяжателей, Иван III инициировал обсуждение вопроса о монастырском землевладении на церковном Соборе 1503 г., где Нил Сорский выступил за то, чтобы у монастырей сел не было, а чернецы кормили бы себя рукоделием. Тем не менее, благодаря авторитету Иосифа Волоцкого верх на Соборе взяла позиция иосифлян, а великий князь вынужден был к ней присоединиться, не посмев тронуть монастырские земли. В дальнейшем в Церкви возобладало иосифлянское отношение к умножению церковных богатств. Созванный в 1551 г. Стоглавый Собор уже не поднимал вопросов секуляризации церковных вотчин, однако именно его решения положили начало вмешательству государства в сферу землевладения Церкви. С одной стороны, «Стоглав» декларировал принцип неприкосновенности церковной земельной собственности, но с другой – вводил серьезные ограничения на приобретение новых земель. В результате решений, принятых Соборным уложением, возможности бесконтрольного увеличения церковных земель фактически сошли на нет. Хотя рост церковных вотчин не прекратился, но теперь он целиком и полностью находился в компетенции царя, наделявшего по своей воле земельными наделами крупные монастыри и архиерейские дома.

Стоглавый Собор затронул и другие стороны государственно-церковных отношений того времени. В частности, было упорядочено получение руги, материальные ресурсы Церкви были подключены к решению таких социальных задач, как «искупление пленных» и «нищепитательство». В области церковного суда «Стоглав» подтвердил судебные прерогативы епископата, исключавшие любое вмешательство мирской власти, но предписал также ряд мер, упорядочивающих церковное судопроизводство. Эти меры создавали прецедент вмешательства светской власти в церковную юрисдикцию.

В течение XVI–XVII вв. гражданско-правовая сфера церковной юрисдикции неуклонно сокращалась в результате так называемых «тарханных» и «несудимых грамот». Татарским термином «тархан» обозначался свободный, привилегированный человек, а по «несудным грамотам» церкви и монастыри с духовенством, братией, слугами и крестьянами выводились из подсудности местных архиереев в ведение государственного суда и управления. К XVII в. судебные дела церковных людей, получивших такого рода грамоты, сосредоточились в Монастырском приказе – особом отделении Приказа Большого Дворца, который осуществлял управление всеми царскими землями.