Многие из ревнителей входили в кружок так называемых «царских боголюбцев», выделенных Алексеем Михайловичем за особое благочестие и красноречие. Они объединились вокруг царского духовника Стефана Вонифатьева. Стефан и вошедший в его кружок архимандрит Никон, опираясь на поддержку царя, потребовали от патриарха Иосифа отмены многогласия, но встретили сопротивление сторонников русских богослужебных традиций. Патриарх при этом требовал сурового наказания вольнодумцев, но царь встал на сторону своих любимцев и вынудил Иосифа издать в 1651 г. указ о введении единогласия.

В 1652 г. патриархом был избран один из ревнителей благочестия, Новгородский митрополит Никон, который на церковном Соборе 1654 г. добился утверждения исправления литургических чинов (т.е. порядков) и богослужебных текстов по образцу греческих. Однако еще столетием раньше митрополит Макарий и священный Собор утвердили правила креститься двумя перстами, как в Москве, а не как в Новгороде, повторять возглас «Аллилуйя» (от древнееврейского «хвалите Господа») дважды, а не трижды, служить литургию на семи, а не на пяти просфорах, писать имя «Исус», а не «Иисус» и т.д. В этом патриарх Никон и церковные реформаторы усмотрели расхождение с греческой традицией и потребовали исправления привычных для Руси правил. Собор 1654 г. сократил также литургию, совершение таинств покаяния и крещения. Было предписано ходить вокруг аналоя не по солнцу («посолонь»), а против солнца, отменены поклоны на коленях, когда молящиеся били челом о землю, запрещены иконы, написанные не в византийской, а в западноевропейской манере.

Патриарх Никон проводил церковные реформы торопливо, самовластно и круто. Старорусские обряды предавались осмеянию с неуместными в данной ситуации запальчивостью и резкостью. Однако грекофильство в целом было основано не на преклонении перед эллинистической культурой и византийским наследием, а на провинциализме патриарха, происходившего из простолюдинов и претендовавшего на роль главы Вселенской Греческой Церкви.

Выступившие против него Иван Неронов и Аввакум Петров, а также их последователи считали, что неповрежденное православие сохранилось лишь на Руси. Московское царство, став хранителем чистоты веры, сделалось Третьим Римом и в церковном отношении заняло место греков. Вот почему любые церковные нестроения, по мнению сторонников сохранения старых обрядов, следовало устранять, не сходя со своей церковно-исторической почвы, а обращение Никона к греческому богослужебному чину для исправления русского воспринималось ими как отступление от православной веры.

Не вдаваясь в подробности возникновения раскола и анализа различных взглядов на него, можно лишь сказать, что его основанием стало не просто неприятие литургических реформ, а трактовка самой доктрины «Третьего Рима». Получалось, что если царь и патриарх настаивали на вселенском характере православного царства, то их противники абсолютизировали русский национальный религиозный опыт, сохранивший в чистоте подлинное православие.