В 1745 г. на северной стороне Успенского собора на средства казны была пристроена каменная палатка (в память посещения Жёлтикова монастыря императрицей Елизаветой Петровной 11 января 1745 г.), где впоследствии находилась ризница. В 1780 г. основной объём собора был расписан, устроен резной позолоченный иконостас с новыми иконами (кроме местного ряда); в 1869 г. роспись, иконостасы и сень над мощами Арсения были обновлены, затем ещё раз были реставрированы в 1898–1899 гг. Придел с престолом во имя первомученика Стефана располагался в ризнице с 1899 г. Следующим после собора каменным сооружением Жёлтикова монастыря была церковь во имя преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских, построенная на месте одноимённой трапезной деревянной церкви, которая упоминалась ещё при основании монастыря в 1394 г. В начале XVII в., после разрушения собора, она была, как полагают исследователи, временно переосвящена в честь Успения и выполняла роль главного храма монастыря. В писцовой книге 1627–1628 гг. вновь значится деревянный храм «клецки» во имя преподобных Антония и Феодосия. К 1685 г. в монастыре уже была возведена новая одноимённая деревянная шатровая церковь. Каменная одноглавая тёплая церковь с трапезной на подклете построена между 1685 и 1702 гг. в южной части монастыря, вдоль берега реки Тьмака. К 1764 г. над трапезной находилась глава, крытая черепицей. К храму примыкала каменная паперть с лестницей, под папертью устроены ворота. Помещения под трапезной использовались под квасоварню и кладовые, во второй половине XVIII в. – под поварню, «другую хлебодарную палату» и погреб. К храму были пристроены братские кельи. В церкви находился двухъярусный иконостас, многие иконы которого к 1702 г. обветшали. В отремонтированной летом 1838 г. церкви поставили новый резной позолоченный иконостас с местными иконами греческого письма; по мнению исследователей,  именно он и упоминается в ведомостях монастыря начала XX в. В 1700–1709 гг. на средства инспектора И.Ф. Викторова с восточной, западной и северной сторон обители была выстроена каменная ограда, заменившая «столбы забором» и деревянные св. ворота. Ограда имела угловые полукруглые башни и крытую галерею, св. ворота в юго-восточном углу ограды были украшены предстоящими фигурами ангелов с крестами. На средства того же вкладчика на св. воротах была выстроена и 12 сентября 1709 г. освящена Тверским епископом Каллистом (Поборским) одноглавая церковь во имя св. Алексия, человека Божия. Церковное предание XIX в. ошибочно связывало возведение этого храма с именем императора Петра I. Крупная постройка была одним из первых храмов типа восьмерик на четверике на Тверской земле и редким примером надвратного храма этого типа. Фасады имели богатый белокаменный декор нарышкинского стиля.