По постановлению Тверского горисполкома от 28 апреля и горсовета от 30 апреля 1919 г. 25 мая того же года было произведено вскрытие мощей Арсения и обнаружилось, что мощи были переоблачены в 1918 г. в полное архиерейское облачение из золотой парчи, пожертвованное бывшим Астраханским архиепископом Филаретом. На шёлковом подризнике была сделана надпись о переложении мощей 8 февраля 1919 г. в новый гроб управлявшим Тверской епархией епископом Серафимом (Александровым) и епископом Балахнинским Петром (Зверевым). Согласно протоколу вскрытия, большая часть мощей святителя была «покрыта мумифицированными остатками кожи и мышц». Рака и мощи были оставлены в Успенском соборе и до конца мая 1919 г. выставлены для поклонения верующих. Сохранилось несколько актов, подписанных тверичанами, в которых осуждалось кощунственное вскрытие мощей князя Михаила Тверского и святителя Арсения. Местонахождение мощей к 2008 г. оставалось неизвестно. В 1922 г. из храмов и ризницы монастыря производилось изъятие церковных ценностей. Весной 1923 г. Жёлтиков монастырь был закрыт, к лету того же года в нём зарегистрирована трудовая артель. К 1929 г. в Жёлтиковом монастыре размещался также детский дом. Решением Тверского губисполкома от 10 июня 1929 г. были закрыты Успенский и Алексиевский храмы, использовавшиеся впоследствии под зернохранилище; церковное имущество конфисковано и расхищено. Кладбище было разорено, надгробные памятники растащены, некоторые захоронения осквернены. В 1930 г. были уничтожены так называемые палаты царевича Алексея, старая колокольня, разобраны на кирпичи два верхних яруса колокольни 1914 г. В марте 1931 г. местные власти получили разрешение Главнауки на разборку Алексиевской церкви. До начала войны 1941 г. на территории монастыря располагались авиамастерские, в соборе – магазин. В октябре 1941 г., при отступлении Красной Армии из Калинина (Твери), монастырь пострадал, были разобраны или взорваны Успенский собор, церковь во имя преподобных Антония и Феодосия, настоятельский корпус, ограда. В 1945 г. Жёлтиков монастырь был снят с госохраны, на территории обители устроен склад ГСМ военной части. К 2008 г. сохранились остатки двухэтажного братского корпуса и нижний ярус надвратной колокольни 1914 г. с аркой св. ворот. Областной комитет по охране историко-культурного наследия оформлял документы на охрану территории и сохранившихся построек обители.