Произведения Стефана Зизания целенаправленно уничтожались его противниками и потому плохо сохранились. О содержании некоторых из них исследователи судят лишь по цитатам, приведённым современниками, полемизировавшими со Стефаном Зизанием, – униатами и католиками. Обширную информацию о взглядах Стефана Зизания и о содержании его трудов есть в брошюре, автором которой указан Жебровский, подписанной псевдонимом Якуб Пшеница (исследователи полагают, что автором обоих сочинений был иезуит М. Лашч); в сочинении Ипатия (Потея) «Гармония, альбо Согласие веры, сакраментов и церемоней святое Восточное Церкви с Костелом Рымским» (Вильно, 1608 г.); в труде, написанном Мелетием (Смотрицким) после присоединения к унии и др. Важная информация о взглядах Стефана Зизания содержится в сочинении принадлежавшего к социнианам Евстафия Гизеля (Киселя), который выступил в поддержку православного полемиста. Сочинения Стефана Зизания носили преимущественно катехизический и полемический характер, их главными целями были обучение православных основам веры и изложение аргументов в защиту православия от католической и протестантской пропаганды. Жебровский писал, что «Катехизис» был составлен Стефаном Зизанием с целью «народ русской веры отклонить от… союза с Римскою Церковию». Первым известным опубликованным сочинением Стефана Зизания является «Катехизис» (Вильно, 1595 г.), написанный в форме комментария к Никео-Константинопольскому Символу веры с опровержением еретических мнений. Данный труд считается несохранившимся, он известен исследователям по пересказу в сочинениях противников Стефана Зизания, в первую очередь, в брошюре Жебровского и в сочинении «Plewy Stefanka Zizaniey...» (Маргарита Анатольевна Корзо высказала предположение, что перепечаткой или переводом «Катехизиса» Стефана Зизания на «просту мову» является раздел «Объяснение изложения Никейского и Константинопольского Символу, двунадесяти артыкулов веры хр(ис)тиянское» в сборнике «Собрание вкратце словес от Божественнаго Писания»). В 1596 г. вышли в свет все остальные известные труды Стефана Зизания: «Лист Иеремии, патриарха Константинопольского, напоминальный» (опубликовано 20 января 1596 г.; единственный экземпляр данного издания, хранившийся в библиотеке музея князей Чарторыйских в Кракове, считается утерянным); «Казанье святого Кирилла, патриархи Иерусалимского, о антихристе и знаках его, з росширеньем науки против ересей рoзных» – перевод 15-го огласительного поучения Кирилла и комментарии к нему (опубликовано 20 мая 1596 г. с посвящением князю Константину Константиновичу Острожскому); «Изложение о православной вере» – катехизический раздел в азбуке «Наука ку читаню и розуменю писма словенского» (Вильно, 1596 г.). Стефану Зизанию приписывается участие в подготовке двуязычной грамматики «Грамматика доброглаголивого еллинославенского языка» (Львов, 1591 г.), автором которой ныне признаётся Арсений Элассонский. Из всех сочинений Стефана Зизания наибольшей критике подверглись «Катехизис» и «Казанье святого Кирилла...». В начале брошюры «Kąkol, ktory rozsiewa Stephanek Zizania...» приведена цитата из «Катехизиса» Стефана Зизания, в которой толкуется седьмой член Символа веры («И возшедшаго на небеса, и седяща одесную Отца»): «Мы осуждаем различных еретиков, которые, умаляя достоинство Сына Божия... называют его ходатаем перед Отцом. Поэтому мы веруем, что сидящий одесную Бога Отца обладает и равной славой, и достоинством с Богом Отцом, а не меньшей властью. И не есть ходатаем, ибо тот, кто перед кем-то ходатайствует, ни восседать с ним рядом не может, ни равного достоинства с ним быть».