Исследователи подчёркивают, что в «Большом катехизисе» содержится ряд положений, против которых в середине 1590 гг. выступал Стефан Зизаний: учение о страдании на Кресте Божества, учение о частном суде. В сравнении с сочинениями Стефана Зизания труды Лаврентия Зизания представляют новый этап становления восточнославянской богословской мысли, обусловленный влиянием на неё католического и протестантского богословия. «Большой катехизис» имел не только вероучительное, но и полемическое назначение. Автор полемизирует, в первую очередь, с католиками (отрицает особую роль Рима для христианской церкви, критикует использование опресноков, учение о Filioque и др.). В сочинении подвергаются критике протестантские учения. Когда Лаврентий Зизаний даёт определение еретическому сообществу, исследователям понятно, что он имеет в виду протестантов, поскольку признаками такого сообщества названы отсутствие апостольского преемства и самовольное присвоение права церковного учительства. «Большой катехизис» был напечатан в Москве в 1627 г. в переводе на церковнославянский язык. Замечания московских книжников в печатном варианте учтены в полном объёме. Однако даже исправленный текст находился в сильном противоречии с великорусской богословской традицией, вследствие чего издание было осуждено церковными властями и почти полностью уничтожено: сохранились четыре дефектных экземпляра. «Большой катехизис» несколько раз переиздавался в конце XVIII в. со значительной правкой (например, в Гродно в 1783, 1787, 1788 гг.), сохранилось большое количество списков «Большого катехизиса», сделанных по преимуществу старообрядцами. В феврале 1627 г. Лаврентий Зизаний вернулся в Киев. В августе того же года в Киево-Печерском монастыре прошёл Собор, осудивший сочинения Мелетия (Смотрицкого) «Apologia peregrinatiey do krajów wshodnych» (1628 г.), в котором содержатся восхваление католической церкви и призыв перейти в подчинение папе (к этому времени Мелетий уже тайно присоединился к унии). Деятельностью Собора фактически руководили наиболее образованные западнорусские протопопы: Лаврентий Зизаний и Андрей Мужиловский, подготовившие список обвинений против Мелетия (Смотрицкого) в 105 пунктах и прочитавшие его на Соборе. Впоследствии Мелетий (Смотрицкий) поставил им это в вину как нарушение церковной дисциплины. Последнее упоминание Лаврентия Зизания относится к февралю 1634 г. В конце жизни книжник занимался исправлением церковнославянской Библии по греческому тексту.