В результате Венского арбитража 2 ноября 1938 г. Чехословакия обязывалась передать Венгрии южные районы Словакии и Подкарпатской Руси. Вследствие изменения границ столицей Подкарпатской Руси стал город Хуст. Правительство А. Волошина взяло курс на укрепление авторитаризма, преследование русофилов, инициировало создание полувоенной организации «Карпатська Сiч» («Карпатская Сечь»). Сознательно игнорируя священноначалие канонической Мукачевско-Пряшевской епархии, А. Волошин пригласил из Праги архиепископа Савватия для организации подконтрольной ему церковной структуры. Вопреки Конституции автономное правительство сменило название края Подкарпатская Русь на Карпатская Украина. 22 ноября 1938 г. Национальное собрание Чехословакии приняло Закон об автономии Словакии и Подкарпатской Руси. 15 марта 1939 г. Карпатская Украина провозгласила независимость, А. Волошина объявили президентом. Вскоре после этого край был оккупирован венгерскими войсками и присоединён к Венгрии. Став частью Венгрии, Закарпатье вошло в так называемую Подкарпатскую территорию. Три депутата от неё кооптировались в верхнюю и 12 депутатов – в нижнюю палату венгерского парламента. На территории Закарпатья была создана гражданская администрация во главе с регентским комиссаром. Государственными языками объявлялись венгерский и русинский. В 1941 г. в Ужгороде было основано Подкарпатское общество наук, развернувшее при государственной поддержке национальную деятельность в подчёркнуто региональном, русинофильском ключе. Уже в мае 1939 г. в государственные органы начали поступать жалобы по поводу случаев издевательств над православным духовенством, принуждения к переходу в униатство, конфискации православных церковных книг и т.д. В июне 1941 г. интернировали, а позднее выслали в Югославию правящего епископа Владимира (Раича). Декретом фашистского диктатора Венгрии Миклоша Хорти во главе епархии был поставлен протопресвитер доктор Михаил Михайлович Попов, во время богослужения предписывалось поминать имя архиепископа Савватия. Однако далеко идущие планы получить от Константинопольского патриархата автокефалию для православной церкви в Венгрии не осуществились. Уроженцы Закарпатья принимали участие во Второй мировой войне в рядах венгерской армии, союзницы нацистской Германии. Часть оппозиционно настроенной русинской молодёжи нелегально пересекала венгерско-советскую границу, большинство из них затем попадало в ГУЛАГ. Выжившие беженцы позднее сражались с фашистскими войсками в созданных в СССР чехословацких частях генерала Людвига Свободы (1895–1979 гг.). В Закарпатье разрасталось партизанское движение. 9 сентября – 28 октября 1944 г. войска четвёртого Украинского фронта Красной Армии в результате проведения Карпатско-Ужгородской операции освободили Закарпатскую Украину и часть Словакии.