Церковную ситуацию в Закарпатье и в целом в Чехословакии осложнил так называемый Савватиевский раскол, причиной которого стало рукоположение в марте 1923 г. Константинопольским патриархом Мелетием IV (Метаксакисом) архимандрита Савватия (Врабеца) во архиепископа Пражского и всея Чехословакии. Среди православных началась многолетняя борьба сторонников епископа Досифея и поддерживавшихся чехословацкими властями савватиевцев, значительно ослабившая православное движение. Лишь в 1926 г. под международным давлением правительство Чехословакии было вынуждено запретить архиепископу Савватию вмешиваться в церковные дела Подкарпатской Руси. Однако на практике многие приходы сохраняли ему верность вплоть до конца Второй мировой войны. В 1928 г. чехословацкое правительство заключило с Ватиканом конкордат (modus vivendi), на основании которого греко-католики, опираясь на поддержку властей, стали претендовать на имущество обратившихся из унии в православие приходов. Это инициировало строительство многих новых православных храмов. В феврале 1930 г. чехословацкие власти без ведома Священного Синода СПЦ издали новый государственный устав для православных Подкарпатской Руси, согласно которому на приход мог назначаться лишь священник, имевший свидетельство о благонадёжности. Собор СПЦ, который прошёл 15 октября 1930 г. в Сремски-Карловци, не признал новый устав, оставив в силе старый от 1868 г. 2 августа 1931 г. епископская кафедра была переведена из Хуста в Мукачево. Важную роль в дальнейшем становлении православия в Закарпатье сыграл первый постоянный архиерей СПЦ для Подкарпатской Руси Дамаскин (Грданичкий), хиротонисанный во епископа Мукачевско-Пряшевского 30 ноября 1931 г. Благодаря его усилиям в епархии повысился уровень богословского образования, была налажена работа с молодёжью. Епископа Дамаскина сменил на кафедре в ноябре 1938 г. епископ Владимир (Раич). В 1930 гг. в Закарпатье служил сербский богослов архимандрит Иустин (Попович; 1894–1979 гг.). Согласно чехословацской статистике, к 1925 г. в Подкарпатской Руси проживало 60 986 православных, к 1930 г. их было уже 112 034. В конце 1930 гг. численность православных верующих Мукачевско-Пряшевской епархии составляла около 150 тыс. человек. В епархии насчитывалось более 130 приходов, объединённых в шесть благочиний. После Мюнхенского «сговора» западных держав с фашистской Германией и Италией в сентябре 1938 г. стала очевидна невозможность существования Чехословакии в прежних границах. 11 октября 1938 г. пражское правительство назначило Кабинет министров Подкарпатской Руси во главе с политиком автономистом А. Броди (1895–1946 гг.), который был низложен 26 октября 1938 г., а вместо него по рекомендации германских дипломатов получил правомочия Кабинет украинофильской ориентации во главе с монсеньором Августином Волошиным (1874–1945 гг.).