25 ноября 1993 г., в день празднования чудотворного образа Божьей Матери «Милостивая», патриарх Алексий II совершил освящение надвратного храма. 5 мая 1995 г. Священным Синодом принято решение об открытии и о возобновлении монашеской жизни в Зачатьевском монастыре с утверждением статуса ставропигиального женского монастыря. 5 сентября 1995 г. вышло Постановление Правительства Москвы о передаче строений монастыря РПЦ. 8 октября 2002 г. было получено Постановление Правительства Москвы, позволившее разобрать школьное здание, стоявшее на месте монастырского собора Рождества Пресвятой Богородицы. В 2004 г. совершено малое освящение Успенской церкви, устроенной в подземной части храма Сошествия Святого Духа. 24 ноября 2004 г., после завершения росписи алтаря и установления каменного иконостаса, совершено малое освящение церкви Сошествия Святого Духа. С этого времени воскресные и праздничные богослужения проходят в церкви Сошествия Святого Духа. В её южной пристройке был устроен придел во имя Владимира Амбарцумова (освящён 2 ноября 2005 г.). 25 ноября 2005 г. состоялась торжественная закладка воссоздаваемого собора в честь Рождества Пресвятой Богородицы. В настоящее время Зачатьевский монастырь является общежительным и действует на основании устава. Настоятельница – игуменья Иулиания (Каледа); насельниц около 30. В монастыре работают просфорная и хлебопекарня, швейная мастерская. На подворье Зачатьевского монастыря в деревне Барвихе есть подсобное хозяйство (теплица, огород, скотный двор). Причт состоит из четырёх священников, дьякона, старшего священнослужителя и духовника сестёр – протоиерея Николая Важнова. Богослужения в обители совершаются ежедневно. В воскресные дни по окончании литургии – водосвятные молебны с чтением акафиста преподобным Иулиании и Евпраксии или cвященномученику Киприану и мученице Иустине (поочерёдно). Один или два раза в месяц за вечерним богослужением в воскресный день совершается чтение акафиста праведным Иоакиму и Анне с молением о даровании чад. Ежедневно перед Божественной литургией служатся молебны с чтением акафиста основательницам монастыря, преподобным жёнам игуменьи Иулиании и монахине Евпраксии. Каждый четверг (за исключением праздников) после окончания вечерни совершается параклис – молебен с пением канона и акафиста перед чудотворной иконой Божьей Матери «Милостивая». На подворье в деревне Барвихе 9 июня 1996 г. епископ Орехово-Зуевский Алексий (Фролов) совершил чин закладки церкви в честь Покрова Пресвятой Богородицы, 14 октября 1998 г. состоялось малое освящение восстановленного храма. В церкви Покрова Пресвятой Богородицы богослужения совершаются в воскресные дни, великие и двунадесятые праздники, в дни особо чтимых святых. В доме при храме устроен баптистерий для совершения таинства крещения.