В 1925 г. вышло постановление Моссовета о переселении монахинь в подмосковные монастыри (согласно акту обследования от 11 ноября 1924 г., в Зачатьевском монастыре оставалось около 130 монахинь), но на деле монашествующих просто выселили. Часть монахинь проживали в одном из строений на подворье в деревне Барвихе, церковь которого оставалась действующей. Они зарегистрировали пошивочную артель. В 1932 г. храм разобрали, уничтожили кладбище при нём. В 1926 г. были закрыты все церкви Зачатьевского монастыря, и он окончательно перешёл в распоряжение Наркомпроса. В 1930 г. вопреки распоряжению Наркомпроса о превращении Зачатьевского монастыря в филиал музея Новодевичьего монастыря власти начали занимать церкви под жильё, склады и конторы. В 1933 г. с церкви Сошествия Святого Духа сняли купол, а келью В.М. Головиной и богадельню превратили в конторское учреждение. Ордера на занятие зданий были временными, поскольку готовился их снос в связи со строительством Дворца Советов и прокладкой проспекта. В 1935 г. были разобраны приписные церкви Успения Пресвятой Богородицы и Воскресения Христова (Новая) на Остоженке. В 1934 г., несмотря на указ о музейной ценности зданий, собор Рождества Пресвятой Богородицы с церковью в честь иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина» и колокольней взорвали, а в 1939 г. на их месте построили четырёхэтажное типовое здание школы. Новый трапезный корпус был занят швейным ПТУ и коммунальным жильём; к 1950 г. полностью утрачены 16 деревянных келий и двухэтажный каменный келейный корпус, историческое благоустройство монастыря (скотник, конюшня, три сада, палисады при богадельнях и приюте, зелёные насаждения, булыжное мощение, монастырские колодцы и проч.); южный корпус келий надстроили. Разрушение приостановили только в 1960 гг. К этому времени в полуразрушенном состоянии были части юго-западной (конец XVII в.), северо-восточной и западной стен (конец XIX в.), св. ворота с надвратной церковью Нерукотворного образа Спасителя, старый трапезный и настоятельский корпуса, северный и северо-восточный келейные корпуса, восточные деревянные кельи, новый трапезный корпус и южный корпус с корпусом сторожки, сильно перестроенный больничный корпус с церковью Сошествия Святого Духа. Строения использовали под жильё, в усыпальнице надвратной церкви был устроен гараж Академии Наук, в арочном проёме – склад.