С 1998 г. в помещениях старого трапезного корпуса размещается богадельня. Среди призреваемых – престарелые монахини и мирянки (на 2008 г. – десять стариц). Главная святыня Зачатьевского монастыря – чудотворная икона Божьей Матери «Милостивая» традиционного письма, в вышитой жемчугом ризе, украшенной драгоценными камнями (сохранилась малая часть). Её появление в обители восходит к концу XVIII в.; до закрытия Зачатьевского монастыря в 1925 г. образ находился в соборе Рождества Пресвятой Богородицы. В донесении игуменьи Валентины благочинному московских монастырей от 21 сентября 1901 г. икона именуется чудотворной, каждую среду перед ней совершался молебен с акафистом. При закрытии Зачатьевского монастыря игуменья Мария собрала сестёр на последний молебен перед чтимым образом. Серебряную ризу оставили в Зачатьевском монастыре, а икону вместе с игуменским жезлом и другими святынями перенесли в церковь пророка Илии в Обыденском переулке. Праздник иконы Божьей Матери «Милостивая» (25 ноября нового стиля) стал особо чтимым в церкви пророка Илии. По монастырской традиции служилось всенощное бдение с пением акафиста. После литургии одна из монахинь устраивала у себя трапезу, за которой раз в году встречались монашествующие закрытой обители. Усердием прихожан в 1950 гг. икону оправили в серебряную позолоченную ризу с драгоценными камнями. Со времени создания сестричества (1991 г.) сёстры стали собираться по четвергам в церкви пророка Илии и петь акафист у иконы, молясь о возрождении в обители монашеской жизни. По благословению протоиерея Александра Егорова в 1993 г. был написан список иконы, на котором Богородица изображена с игуменским жезлом. Список предназначался для церкви пророка Илии взамен чудотворного образа, но был передан в Зачатьевский монастырь, где через две недели замироточил. 25 ноября 1999 г. по благословению патриарха Алексия II чудотворная икона была торжественно возвращена в обитель. В день её передачи патриарх возвёл в сан игуменьи монахиню Иулианию (Каледу) и вручил ей жезл, оставленный последней игуменьей обители у образа Богоматери, поручив, таким образом, судьбу обители Небесной Игуменьи. С 2004 г. икона находится в церкви Сошествия Святого Духа, куда к ней стекаются многочисленные паломники. По молитвам у иконы супруги получают разрешение от бесчадия. Среди чтимых святынь Зачатьевского монастыря – икона Богородицы «Помощница в родах» (XIX в.), от которой известны случаи благодатной помощи при трудном разрешении рожениц; мироточивая икона великомученика Пантелеимона с частицей мощей святого (конец XX в.).