На средства Министерства культуры СССР были частично выселены сторонние организации и лица из помещений Зачатьевского монастыря, проведена реставрация церкви Сошествия Святого Духа с установкой креста на куполе, храм поставили на государственную охрану как памятник истории и архитектуры (в работе по его сохранению важную роль играла архитектор Инесса Ивановна Казакевич). Другие строения Зачатьевского монастыря до начала 1990 гг. продолжали использовать под коммунальное жильё и государственные учреждения. После закрытия Зачатьевского монастыря большая часть насельниц осталась в Москве. Судьба сестёр, арестованных в 1926 г., исследователям неизвестна. По документам следственных дел установлена часть имён арестованных в 1930–1931 гг., а также около 50 имён насельниц, высланных в Казахстан и иные места ссылок. Сохранились сведения о сёстрах-подвижницах Зачатьевского монастыря: схимница Сара была известна прозорливостью, по монастырскому преданию, она последней покинула Зачатьевский монастырь, похоронена на Даниловском кладбище в Москве; схимница Филарета (Дегтярёва, ум. 10 августа 1980 г.) после бегства из арестантского поезда с другими сёстрами жила в землянке в лесу, сохраняя у себя иконы из Зачатьевского монастыря; монахине Маргарите в начале гонений явилась игуменья Иулиания, велев остаться в монастыре, где та пребывала до 1925 г., скончалась и похоронена в Муроме. Собраны сведения и о последних священнослужителях монастыря. Духовник обители протомиерей Михаил Николаевич Ивановский в 1930 г. был на три года лишён права жить в ряде центральных областей, проживал в Угличе, затем в Твери, продолжая окормлять монахинь Зачатьевского монастыря (ум. 12 октября 1942 г.), 29 апреля 1989 г. посмертно реабилитирован. Особая роль в сохранении монашеской жизни Зачатьевского монастыря принадлежала сёстрам, составившим в Москве общину при церкви пророка Илии в Обыденском переулке, куда были перенесены святыни из Зачатьевского монастыря. С 1951 г. их окормлял протоиерей Александр Егоров. Последняя насельница Зачатьевского монастыря, схимница Нина, умерла 3 ноября 1984 г. 21 августа 1991 г. при церкви пророка Илии в Обыденском переулке по благословению патриарха Алексия II было создано сестричество в честь иконы Божьей Матери «Милостивая», целью которого было возрождение обители. 6 июня 1991 г., в день Святого Духа, был отслужен первый молебен в здании надвратного храма. 8 июня 1992 г. вышло Постановление Правительства Москвы о передаче сестричеству надвратной церкви и церкви Сошествия Святого Духа.