14 сентября постановлением Совнаркома СССР был образован Совет по делам РПЦ, 7 октября было утверждено «Положение о Совете по делам РПЦ при Совнаркоме СССР». Наряду с центральным аппаратом Совета, располагавшимся в Москве, создавался институт уполномоченных при Совнаркомах союзных и автономных республик, при край- и облисполкомах, права и обязанности уполномоченных регламентировались в особой инструкции, принятой в начале 1944 г. До мая 1944 г. Совет по делам РПЦ занимался проблемами всех религиозных объединений. В частности, опираясь на обращение мусульманского духовенства, Совет добился принятия правительственного решения о создании в начале 1944 г. духовных управлений мусульман Средней Азии и Казахстана (Ташкент), Северного Кавказа (Буйнакск) и Закавказья (Баку). В течение короткого времени мусульманам было возвращено больше тысячи мечетей, из тюрем и лагерей освобождалось духовенство. С 1944 г. стало возможным осуществление хаджа в Саудовскую Аравию. В октябре 1943 г. при СНК Армянской ССР был образован Совет по делам Армяно-григорианской церкви. Особый статус ААЦ объяснялся внешнеполитическими причинами, т.к. бо́льшая часть приходов Эчмиадзинского католикосата находилась вне пределов СССР, учитывалась и патриотическая деятельность Армянской церкви в годы войны. В мае 1944 г. был учреждён Совет по делам религиозных культов при СНК СССР, на который возлагалась задача осуществления связей «между Правительством СССР и руководителями религиозных объединений: мусульманского, иудейского, буддийского вероисповеданий, армяно-григорианской, старообрядческой, греко-католической, католической и лютеранской церквей и сектантских организаций по вопросам этих культов, требующим разрешения Правительства СССР». Совет, председателем которого был назначен Иван Васильевич Полянский, занимался регистрацией религиозных общин, вопросами открытия молитвенных зданий и духовных школ, организацией паломнических поездок за рубеж, проведением съездов и мероприятий. Особое внимание новообразованные государственные органы уделяли вопросам открытия молитвенных зданий по ходатайствам верующих и юридической регистрации общин, прежде всего, действовавших на ранее оккупированной территории. Совет по делам РПЦ во многих случаях способствовал признанию государством этих приходов, благодаря чему количество православных храмов и монастырей во второй половине 1940 гг. росло: в августе 1944 г. в СССР действовало 8809 приходов, в июле 1945 г. – 10 243, в январе 1946 г. – 10 547. К концу 1945 г. на территории СССР действовало свыше 5 тыс. религиозных общин (не считая православных), из них 1704 католических, 500 мусульманских, 433 протестантских, 415 старообрядческих, 105 иудейских. В 1943–1945 гг. СНК СССР принял около 20 постановлений и распоряжений, касавшихся религиозных объединений.