Среди них: о порядке открытия церквей (ноябрь 1943 г.), об открытии текущих счетов епархиальных управлений и приходов в Госбанке СССР (1944 г.), об освобождении от призыва и мобилизации священнослужителей (ноябрь 1944 г.), о порядке открытия молитвенных зданий религиозных культов (декабрь 1944 г.), о предоставлении религиозным общинам права юридического лица в части аренды, строительства и покупки в собственность домов, строений, транспорта и утвари (1945 г.), о порядке обложения доходов монастырей и предприятий при епархиальных управлениях (1945 г.). В целом изменения в отношении государства к религии, в частности, к православной церкви, не носили всеобъемлющего характера. Репрессии в отношении духовенства и верующих заметно снизились, но не прекращались за всё время Великой Отечественной войны. Несмотря на образование государственных органов по связям с религиозными организациями, решение ключевых проблем религиозной политики в последующие несколько лет И.В. Сталин оставил за собой, что объясняется его намерением использовать религиозный фактор для решения политико-идеологических задач внутри страны и на внешнеполитической арене. В военные годы менялось отношение государства к католической церкви (общины существовали в Прибалтийских республиках, Белоруссии и на Украине). В конце 1943 – начале 1944 гг. проблемами урегулирования отношений с католической церковью занимались НКГБ, Совет по делам РПЦ, с мая 1944 г. – Совет по делам религиозных культов, искавшие компромисса с руководителями католических общин. Совет стремился не допускать закрытия костёлов и монастырей, способствовать открытию приходов в тех местах, где об этом просили верующие. В Латвии с разрешения властей возобновилась деятельность духовных семинарий, в Литве было решено не настаивать на юридической регистрации католических общин ввиду отрицательного отношения к этому со стороны верующих. Компромиссная политика властей по отношению к католическому духовенству и верующим объяснялась стремлением советского правительства к установлению контактов с папским престолом и нормализации межгосударственных отношений с Ватиканом. В апреле-мае 1944 г. в СССР находился американский католический священник С. Орлеманский, который был принят И.В. Сталиным и Вячеславом Михайловичем  Молотовым (Скрябиным), которые подтвердили в ходе встречи готовность СССР к сотрудничеству с Ватиканом. Летом того же года советские войска освободили Львов. Вопреки западным прогнозам репрессий в отношении католиков и униатов Западной Украины не последовало, и отношение к ним в целом со стороны властей оставалось терпимым. В свою очередь, первоиерарх Украинской греко-католической церкви (УГКЦ) митрополит Андрей Шептицкий направил ряд писем на имя И.В. Сталина и в адрес правительства СССР, в которых приветствовал освобождение Галиции от немецко-фашистских войск и просил об официальном признании УГКЦ.