В декабре 1944 г. Москву посетила делегация УГКЦ, которая выразила «приветствие и благодарность Советской власти, Красной Армии и её Главнокомандующему товарищу Сталину» и заявила о стремлении участвовать в «устроении мирной жизни» на освобождённой территории Украины. Тогда же в Фонд Красного Креста от имени УГКЦ было внесено 100 тыс. руб. В ходе переговоров в Совете по делам религиозных культов униатам были даны гарантии «свободы действий» наравне с другими религиозными организациями. Однако в связи с открытой поддержкой папой Пием XII курса США на создание Атлантического блока в противовес СССР и рядом заявлений папы, вновь осудившего коммунизм и «атеистический материализм», советское руководство отказалось от поиска компромисса с Ватиканом. С весны 1945 г. Ватикан характеризуется советскими государственными и партийными органами как «защитник фашизма», стремящийся к усилению своего влияния в послевоенном мире, а католические и униатские общины в СССР стали рассматриваться как «агенты Ватикана». В Прибалтике и Белоруссии резко усилилось административное давление на католические приходы и монастыри. Особо жёсткие репрессивные меры были приняты со стороны властей в отношении УГКЦ, что было вызвано, помимо внешнеполитических факторов, открывшимися фактами сотрудничества униатского духовенства с немецкими оккупантами во время войны и тесными контактами с группировками украинских боевиков-националистов. В апреле-мае 1945 г. по обвинению в активной предательской деятельности и пособничестве оккупантам были арестованы преемник Андрея Шептицкого митрополит Иосиф Слипый и ряд епископов и клириков УГКЦ. В то же время власть приняла решение поддержать существовавшее в униатской среде движение за воссоединение с православной церковью. При государственной поддержке 28 мая 1945 г. во Львове образовалась инициативная группа по воссоединению греко-католической церкви с православием, которую возглавил настоятель львовского Преображенского собора протоиерей Гавриил Костельник, а в числе первых членов группы оказались священники Антоний Пельвецкий и Михаил Мельник (впоследствии после принятия монашества были хиротонисаны во епископы) и профессор С. Хруцкий. Группа призвала греко-католическое духовенство Западной Украины поддержать их инициативу, определив в качестве своей конечной цели созыв церковного Собора для присоединения униатов к православной церкви, которое состоялось уже после окончания Великой Отечественной войны на Львовском Соборе 1946 г. В отношении ряда других религиозных объединений политика государства в годы войны оставалась неизменно жёсткой. Прежде всего, это касалось «антигосударственных, антисоветских и изуверских сект», к числу которых были отнесены духоборцы, молокане, методисты, адвентисты, пятидесятники, свидетели Иеговы, хлысты, скопцы и др. Власть считала их не столько религиозными, сколько политическими организациями, контроль за их деятельностью возлагался не на Совет по делам религиозных культов, а на НКГБ.