Одним из первых шагов на пути нормализации государственно-церковных отношений стала телеграмма митрополита Сергия, отправленная И.В. Сталину 5 января 1943 г., в которой глава Русской церкви просил разрешения на открытие Московской патриархией банковского счёта для внесения средств, собранных на нужды фронта. И.В. Сталин ответил согласием, тем самым патриархии фактически предоставлялся статус юридического лица. Начиная с весны 1943 г. в правительстве обсуждался вопрос о проведении нового курса в религиозной политике, руководство которым первоначально планировалось поручить созданному в апреле 1943 г. Наркомату государственной безопасности СССР (НКГБ). Однако создание органа, занимающегося религиозными вопросами, на базе НКГБ могло быть негативно воспринято как со стороны стран-союзниц, так и со стороны верующих. В итоге возобладало мнение о необходимости учредить самостоятельный орган для связи правительства с РПЦ при Совнаркоме. Одновременно разрабатывалась идея встречи И.В. Сталина с иерархами РПЦ, к подготовке которой были привлечены органы НКГБ, с июля 1943 г. проводились консультации с находившимся в Москве митрополитом Николаем (Ярушевичем) и управляющим делами Московской патриархии протоиереем Николаем Колчицким. В конце августа 1943 г. с разрешения властей митрополит Сергий вернулся из Ульяновска в Москву. К тому моменту встреча И.В. Сталина с иерархами РПЦ уже была запланирована на начало сентября 1943 г., перед проведением Тегеранской конференции, на которой И.В. Сталин мог бы представить главам Великобритании и США итоги изменения государственной политики в отношении церкви. 4 сентября 1943 г. И.В. Сталин провёл совещание с участием Г.М. Маленкова и Лаврентия Павловича Берии, во время которого им был представлен полковник НКГБ Георгий Григорьевич Карпов, намеченный на пост председателя Совета по делам РПЦ. Поздним вечером того же дня в Кремль для встречи с И.В. Сталиным прибыли митрополиты Сергий, Алексий (Симанский) и Николай (Ярушевич). В ходе двухчасовой беседы И.В. Сталин выразил одобрение патриотической деятельности церкви и подчеркнул, что она «может рассчитывать на всестороннюю поддержку правительства во всех вопросах, связанных с Её организационным укреплением и развитием внутри СССР». Московской патриархии было дано разрешение на проведение архиерейского Собора для избрания патриарха, открытие приходов и духовных школ, возобновление издания «Журнала Московской Патриархии». И.В. Сталин обещал, что духовенство получит право участвовать в исполнительных органах приходов, изменится обложение священнослужителей подоходным налогом, епархиям разрешалась организация свечных заводов и гарантировалась свобода в самостоятельном распоряжении денежными средствами и отчислении их на нужды патриархии. Для размещения Патриаршей канцелярии был выделен особняк в Чистом переулке, в Москве. Митрополит Алексий поднял вопрос об архиереях, находившихся в ссылках и лагерях, и о праве освобождённого духовенства совершать богослужения без ограничений в передвижении и паспортном режиме. И.В. Сталин согласился рассмотреть список священнослужителей, находившихся в заключении, и обещал разобраться в каждом отдельном случае. В конце беседы И.В. Сталин сообщил иерархам, что правительство собирается образовать специальный орган для регулирования церковно-государственных взаимоотношений, и представил Г.Г. Карпова в качестве его будущего председателя.