Однако всё это не изменило радикально обучение в семинарии, поскольку в ней, согласно ещё инструкции митрополита Платона, и раньше большое внимание уделялось истории. Исключение из преподавания философии компенсировалось тем, что на уроках латинского языка учащиеся переводили «философские системы». Начиная с 1840 г. преподавание велось на русском языке. Реформа, начатая после принятия нового устава духовных семинарий в 1867 г., вновь едва не привела к закрытию Вифанской семинарии. Состояние её зданий не соответствовало предъявляемым требованиям, средств на реконструкцию не было. Кроме того, в 1860 гг. уменьшилось количество приходов, и на некоторое время вообще отпала нужда в новых священнослужителях. На съезде московского духовенства 30 августа 1869 г. обсуждался вопрос о необходимости сохранения семинарии. Заступничество выпускников семинарии и рядовых граждан спасло её от закрытия. Большую роль в сохранении Вифанской семинарии сыграло её значение для подготовки сельского духовенства. До 1872 г. в семинарии выпуски проходили раз в два года. В 1870/1871 гг. произошёл переход к учебным программам с шестью одногодичными курсами. К 1870 гг. число учеников в семинарии уменьшилось (в 1878 – 249 воспитанников). В 1886 г. в соответствии с уставом духовных семинарий 1884 г. при Вифанской семинарии открылась образцовая начальная школа. На жизни семинарии отразились революционные события 1905–1907 гг. Представители семинарии присутствовали на нелегальном Всероссийском общесеминарском съезде (Москва, 25–27 декабря 1906 г.). В апреле 1907 г. учащиеся Вифанской семинарии подписали петицию против распоряжения правления семинарии об увольнении нескольких учеников. В ответ в семинарии было проведено массовое отчисление студентов, выпуск 1908 г. не состоялся. В 1917 г. состоялся последний набор в семинарии, 11 ноября «ввиду тяжёлых экономических условий» занятия были прекращены, и воспитанники отпущены домой (согласно распоряжению, «по 5 февраля 1918 г.»), занятия в семинарии не возобновились. За всё время своего существования Вифанская семинария подготовила и выпустила свыше 3500 человек. Среди её выпускников – новомученики протоиереи Григорий Воинов и Сергий Константинов, священник Константин Некрасов, диакон Николай Цветков, а также профессора Московской духовной академии Алексей Иванович Введенский, Василий Петрович Виноградов, Дмитрий Фёдорович Голубинский, Павел Иванович Горский-Платонов, Пётр Симонович Казанский, Николай Фёдорович Каптерев, профессор Казанской духовной академии Александр Иванович Гренков, археолог Капитон Иванович Невоструев и др.