Среди ректоров семинарии были будущие архиереи, деятели духовного просвещения, учёные, люди высокой монашеской жизни: Парфений (Чертков, 1814–1817 гг.; впоследствии архиепископ Владимирский), Никанор (Клементьевский, 1818–1826 гг.; впоследствии митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский), Венедикт (Григорович, 1829–1831 гг.; впоследствии архиепископ Олонецкий), Евлампий (Пятницкий, 1831–1834 гг.; впоследствии архиепископ Тобольский), Агапит (Введенский; 1834–1842 гг.), Филофей (Успенский, 1842–1847 гг.; впоследствии митрополит Киевский), Евгений (Сахаров-Платонов, 1847–1849 гг.; впоследствии епископ Симбирский), Леонид (Краснопевков, 1849–1853 гг.; впоследствии архиепископ Ярославский), Игнатий (Рождественский, 1857–1861 гг.; впоследствии епископ Костромской), Никодим (Белокуров, 1862–1866 гг.; впоследствии епископ Дмитровский), Сергий (Спасский, 1866–1872 гг.; впоследствии архиепископ Владимирский), протоиерей Филарет Сергиевский (1874–1883 гг.), Александр (Светлаков, 1883–1885 гг.; впоследствии епископ Калужский), Иаков (Пятницкий, 1886–1891 гг.; впоследствии митрополит Казанский), Антоний (Каржавин, 1891–1895 гг.; впоследствии архиепископ Тверской), Трифон (Туркестанов, 1897–1899 гг.; впоследствии митрополит), протоиерей Андрей Беляев (1899–1912 гг.) и др. Последним ректором Вифанской семинарии был Герман (Ряшенцев, 1912–1918 гг., впоследствии епископ Вязниковский). Семинария владела хорошей библиотекой, сформированной благодаря пожертвованиям митрополита Платона, Филарета (Дроздова), Санкт-Петербургского митрополита Никанора (Клементьевского), профессоров семинарии и других лиц. В 1858–1877 гг. Московская консистория передала в Вифанскую семинарию часть рукописей и книг, конфискованных у старообрядцев (наиболее древние относятся к XVI в.). В 1920 гг. бо́льшая часть библиотеки Вифанской семинарии хранилась в помещении библиотеки Московской духовной академии и в 1930–1945 гг. в составе собрания Московской духовной академии поступила в Государственную библиотеку им. Ленина (в 1966 г. выделена в отдельный фонд). Значительную часть собрания составляют материалы, связанные с деятельностью митрополита Платона, Псковского архиепископа Мефодия (Смирнова), преподавателей семинарии. В 1925–1932 и 1944–1975 гг. здания Вифанской семинарии занимал детский дом, затем в старом семинарском корпусе разместился кожно-венерологический диспансер, в новом корпусе – Всесоюзный заочный сельскохозяйственный техникум. В 1993 г. новый семинарский корпус сгорел, его руины в 1996 г. были переданы Троице-Сергиевой лавре, в 1997 г. лавра получила также часть старого корпуса.