Общее число учащихся составило 266 человек, что существенно превысило допустимую для семинарского здания норму. С годами число учеников в семинарии увеличилось (в 1824 – 284 человека, в 1826 – 298, в 1838 – 365 человек), и потому остро встал вопрос о строительстве новых зданий. 4 сентября 1826 г. был издан указ о выделении средств на строительство нового корпуса, который был завершён в 1829 г. В 1832 г. при семинарии возвели корпус для столовой, в 1842 г. – больничный флигель, в 1846 г. – баню, в 1867 г. – корпус для семейных преподавателей. В 1859 г. оклады служащих в Вифанской семинарии были увеличены и уравнены с окладами служащих в Санкт-Петербургской духовной семинарии. В ведении Вифанской семинарии состояли Звенигородское и Дмитровское духовные училища, позднее также Волоколамское духовное училище, в которых учились выходцы из приходов Верейского, Звенигородского, Можайского, Рузского, Волоколамского, Клинского и Дмитровского уездов. В семинарии также были учащиеся из других епархий, в частности, из Переславского и Александровского уездов Владимирской губернии. Начиная с 1850 гг. в семинарии обучались сербы, черногорцы и болгары. При святителе Филарете на лекции в семинарии начали допускаться вольнослушатели. Начиная с 1814 г. учащиеся семинарии делились на казённых и пансионеров. К первым относились воспитанники, за которых епархия или родители вносили полную сумму их содержания. Пансионеры оплачивали только питание и жильё в общежитии, размер оплаты зависел от материального положения семинариста, что позволяло обучаться в Вифанской семинарии юношам из самых бедных семей. Льготы ученикам и постепенная инфляция привели к тому, что вскоре семинария оказалась в тяжёлом материальном положении, несмотря на поступавшие пожертвования; к середине XIX в. из элитного учебного заведения она превратилась в духовную школу для юношей из самых бедных слоёв духовного сословия, выпускники которой служили в сельских приходах. В 1830 г. курс обучения в семинарии состоял из низшего, среднего и высшего отделений, в которых преподавались словесность, всеобщая история, греческий, латинский, древнееврейский, немецкий и французский языки, математика, физика, философские и богословские науки, библейская и церковная история. Изменения в системе духовного образования, проведённые в 1840 г. по инициативе обер-прокурора Синода графа Николая Александровича Протасова, привели к усилению церковно-исторических дисциплин и придали семинарскому образованию более практическое направление.