В «Описании» митрополита Софрония (Евстратиадиса) и иеродиакона Аркадия указано 285 певческих рукописей, в составленном позднее дополнительном каталоге, озаглавленном «Перечень рукописей библиотеки священного Ватопедского монастыря...»..), описано 25 рукописей. Впоследствии ватопедскими монахами было найдено ещё около 40 музыкальных кодексов, главным образом, XIX–XX вв., а также было принято на хранение в собрание Ватопеда 15 певческих рукописей из библиотеки дочернего скита вмч. Димитрия. Из певческих рукописей ватопедского собрания 75 являются датированными, древнейшие кодексы – Стихирарь XI в. и Ирмологий XII в. К XIII–XV вв. относятся восемь пергаменных и четыре бумажные рукописи, десять из них – Стихирари и два – Ирмологии. От XVI в. известно восемь, от XVII в. – 25, от XVIII в. – 160, от XIX в. – более 100 музыкальных рукописей. Выделяются калофоны и записи, принадлежащие Матфею Ватопедскому Эфесцу и Никифору Кантуниарису (первая половина XIX в.). Однако чаще, чем записи писцов, встречаются записи, сделанные рукой заказчиков рукописей и содержащие их имена. В историко-кодикологическом отношении представляют интерес палимпсест, в котором в XIII в. текст Стихираря был записан на месте смытого текста X в. святоотеческих гомилий и Нового Завета; Стихирарь XI в., содержащий два различных типа ранневизантийской нотации и в полном виде чин Умовения ног в Великий четверг; славянский Доксастарий 1784 г. письма Симеона Ватопедского; кодекс 1818 г. под названием «Мельпомена», составленный Никифором Кантуниарисом. Ряд музыкальных рукописей ватопедского происхождения хранится в других афонских монастырях, а также вне Афона, например, самый ранний датированный ватопедский музыкальный кодекс – Стихирарь 1106 г. был приобретён в 1860 г. в Константинополе архимандритом Антонием (Капустиным) и затем передан им в музей императорской РАО. Благодаря изысканиям ряда учёных (М. Ришара, Е.Э. Гранстрем, М. Хадзиакумиса, Е.В. Герцмана) в собрании рукописей епископа Порфирия (Успенского) обнаружены фрагменты, некогда составлявшие одно целое с ватопедскими манускриптами. Ризница на протяжении тысячелетия пополнялась вкладами византийских императоров и аристократов, правителей православных стран и др. Среди даров были иконы, книги, выдающиеся произведения прикладного искусства. Поэтому ризница Ватопеда – одна из самых богатых на Афоне. В ней хранятся: плащаница, подаренная византийским императором Иоанном VI Кантакузином (около 1354 г.); плащаница «Оплакивание Христа» – вклад молдавского господаря Василия Лупу (1651/1652 г.); воздух «Причащение апостолов» – дар Угро-Влахийского митрополита Варлаама (1535 г.); омофор Неофита, митрополита Артского (1723 г.); омофор Григория, митрополита Иринопольского (вторая половина XVIII в.); епитрахиль с изображением Христовых и Богородичных праздников (XV в.); епитрахиль с изображениями пророков и мучеников – дар валашского господаря Раду Паисия и его сына Марка (около 1539 г.); епитрахиль Христофора Жефаровича (1750 г.); пелена «Древо Иессеево» (середина XVII в.); пелена «Благовещение» ватопедского проигумена Христофора (1716 г.).